Практикум 10
PSI-BLAST
Я выбрала случайный белок из данного списка, а именно P39450. Это белок Photobacterium damselae subsp. piscicida – патогенной для рыб грам-отрицательной бактерии.
Рекомедуемое название белка: S-(hydroxymethyl) glutathione dehydrogenase.
Этот белок участвует в метаболизме формальдегида по схеме, приведённой на рисунке, окисляет S-(гидроксиметил)глутатион.
Для этого белка запустила 5 итераций PSI-BLAST по базе данных swissprot, увеличив максимально возможное колчество находимых последовательнсотей до 5000. Кроме того, из-за большого числа находок я решила уменьшить порог для тех белков, которые участвуют в перестройке PSSM до 5e-4, а общий порог до 0.005. На третьей итерации я подумала, что происходит выход на плато, но потом оказалось, что нет, и дальше я решила не делать, потому что BLAST уже заметно подвисал. Не знаю, что я сделала не так, возможно, нужно было как-то иначе поменять пороги.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 456 | A0A0E4FKF7.1 | 4,00E-04 | Q29318.2 | 5,00E-04 |
| 2 | 812 | P55100.2 | 4,00E-04 | Q9DBM2.4 | 7,00E-04 |
| 3 | 869 | Q9K8F8.1 | 5,00E-04 | Q6LLY5.2 | 6,00E-04 |
| 4 | 1057 | A6V2Q4.1 | 5,00E-04 | A5EVX5.1 | 5,00E-04 |
| 5 | 1559 | P44074.1 | 5,00E-04 | Q9RXR2.1 | 5,00E-04 |