Для выполнения практикума был выбран домен Гамма-глутамилтранспептидаза (Gamma-glutamyltranspeptidase). Его характеристики приведены в таблице:
| Тип данных | Характеристики |
|---|---|
| AC pfam | PF01019 |
| ID pfam | G_glu_transpept |
| #SEED (число последовательностей в выравнивании SEED) |
39 |
| #All (Число всех белков с доменом семейства) | 52000 |
| #SW (Число белков с доменом Swissprot) | 42 |
| #architectures (Число разных доменных архитектур) | 280 |
| #3D (Число доменов с известной 3D структурой) | 50 |
| Число всех белков с доменом семейства по супер-царству eukaryota | 17026 |
| Число всех белков с доменом семейства по супер-царству archaea | 445 |
| Число всех белков с доменом семейства по супер-царству bacteria | 33862 |
Гамма-глутамилтранспептидаза (ГГТ) — это фермент, который переносит гамма-глутамильные группы от одних молекул (например, глутатиона) к другим (аминокислотам, пептидам или воде), участвует в гамма-глутамильном цикле, который необходим для производства и распада глутатиона, а также для обезвреживания чужеродных веществ.
Белок находится главным образом в клеточных мембранах печени. В медицине уровень ГГТ в крови используется как маркер для диагностики различных заболеваний.
В 3D структуре домена преобладают альфа-спирали, бетта-листы сосредоточены внутри структуры.
| Информация | |
|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей - 39 Число колонок - 749 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Номера колонок: 19-39 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 39:G |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Номера последовательностей: 1-24 Номера колонок: 239-245 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 239:G |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. |
Номера колонок: 151-170 |
| Информация | |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF01019 |
| Белок с архитектурой 1 | P18956 |
| Доменная архитектура 2 | PF01019 - PF01019 |
| Белок с архитектурой 2 | Q9EYI3 |
На карте локального сходства показаны 16 отрезков выравнивания, между которыми находятся небольшие разрывы, вызванные вставками или делециями, а также наличием разных по свойствам аминокислотных остатков. Разрывы соответствуют инделям и несходным участкам в выравнивании.