Практикумы 3,4

Структура в целом

Тип макромолекул: Conserved Archaeal protein

В структуру и в одну биологиическую единицу входит одна полимерная цепь А.
Структура белка 3ATQ
Рис.2 Структура белка 3ATQ

Отдельные цепи

Данная макромолекула относится к архее Sulfolobus acidocaldarius

uniprot_id: Q4JA33

Название данной цепи: Digeranylgeranylglycerophospholipid reductase

Функция данной цепи: Is involved in the reduction of 2,3-digeranylgeranylglycerophospholipids (unsaturated archaeols) into 2,3-diphytanylglycerophospholipids (saturated archaeols) in the biosynthesis of archaeal membrane lipids. Catalyzes the formation of archaetidic acid (2,3-di-O-phytanyl-sn-glyceryl phosphate) from 2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate (DGGGP) via the hydrogenation of each double bond of the isoprenoid chains. Is not active with NADPH or NADH as an electron donor; the physiological reducing agent is unknown. Is also active on the more upstream precursors of membrane lipid biosynthesis, catalyzing the complete reduction of 3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate (GGGP) to 3-O-phytanylglyceryl phosphate, and the partial reduction of geranylgeranyl diphosphate (GGPP) to phytyl diphosphate, thus reducing three of four GGPP double bonds and preserving the allylic double bond (at position 2). This reaction product is a reactive prenyl donor, which can be used as a substrate by archaeal prenyltransferases such as GGGP synthases.

В последовательности нет мутаций.

В составе цепи нет модифицированных аминокислотных остатков.

В белке больше альфа-спиралей.

Вторичная структура
Рис.2 Вторичная структура белка

Малые молекулы

В записи присутствуют две малые молекулы:

DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE (FDA)

Окружение лиганда FDA на расстоянии 5 ангстрем
Рис.3 Окружение лиганда FDA на расстоянии 5 ангстрем

TETRADECANE (C14)