Практикум 7

Задание 1. Выбор белка

Для поиска белков бактерии Xylophilus rhododendri я использовала следующий запрос: (taxonomy_id:2697032) и получила по нему 5232 результата

Для исследования я выбрала белок dITP/XTP pyrophosphatase, так как он хорошо аннотирован и имеет понятные функции.

Задание 2. Информация о белке

Белок dITP/XTP-пирофосфатаза катализирует гидролиз нуклеозидтрифосфатов до их монофосфатных производных, проявляя высокую избирательность к неканоническим пуриновым нуклеотидам XTP (ксантинтрифосфат), dITP (дезоксиинозинтрифосфат) и ITP (инозинтрифосфат). По-видимому, функционирует как фермент, который удаляет неканонические пуриновые нуклеотиды, предотвращая их включение в ДНК/РНК и избегая хромосомных повреждений.

Этот белок содержит 202 аминокислотных остатка.

Задание 3. Поисковые запросы

Запрос 1. Доказательство сущетсвования белков. По запросу

(organism_id:2697032) AND (existence:1)

для бактерии Xylophilus rhododendri не было получено результатов, что свидетельствует о том, что у бактерии белки недостаточно изучены, и нет ни одного достоверно существующего белка.

Запрос 2. Возможность патогенности бактерии. По запросу

(organism_id:2697032) AND (keyword:KW-9995)

не было выявлено результатов, что говорит об отсутствии доказательств наличия у бактерии Xylophilus rhododendri патогенности. В некоторых исследованиях предполагалась возможная патогенность бактерии из-за того, что родственные виды вызывают заболевания. Поэтому такой запрос показывает отсутствие патогенности или недостаточность исследований.

Запрос 3. Наличие у бактерии Xylophilus rhododendri алкогольдегидрогеназы. По запросу

(organism_id:2697032) AND (ec:1.1.1.1)

было выявлено 2 результата, что свидетельствует о возможной патогенности бактерии, так как наличие этого фермента может свидетельствовать о необходимости окисления спиртов, которые являются реакцией растений на стресс, а также о возможности выполнения бактерией детоксикационной функции.