Выравнивание выполнено программой needle (глобальное парное выравнивание) с параметрами по умолчанию.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chemotaxis protein methyltransferase | CHER_ECOLI | CHER_BACSU | 291,5 | 26,5 | 41,2 | 70 | 11 |
| D-aminoacyl-tRNA deacylase | DTD_ECOLI | DTD_BACSU | 303,0 | 40,4 | 58,2 | 15 | 2 |
| Motility protein A | MOTA_ECOLI | MOTA_BACSU | 235,5 | 26,1 | 43,1 | 33 | 8 |
Выравнивание выполнено программой water (локальное парное выравнивание) с параметрами по умолчанию.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1, % | Coverage 2, % |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chemotaxis protein methyltransferase | CHER_ECOLI | CHER_BACSU | 306,0 | 31,9 | 48,8 | 30 | 8 | 82,52 | 89,84 |
| D-aminoacyl-tRNA deacylase | DTD_ECOLI | DTD_BACSU | 306,0 | 46,8 | 66,7 | 0 | 0 | 89,90 | 95,45 |
| Motility protein A | MOTA_ECOLI | MOTA_BACSU | 240,5 | 27,2 | 44,9 | 25 | 4 | 96,61 | 97,78 |
CHER_ECOLI / CHER_BACSU (Chemotaxis protein methyltransferase)
Глобальное выравнивание (needle) показало высокий процент идентичности (26,5%, что больше 25%) и подобия (41,2%), относительно небольшое количество гэпов (70) и высокий вес выравнивания (291,5). Это говорит о том, что белки гомологичны по всей длине.
Локальное выравнивание (water) также показало высокий процент идентичности (31,9%) и подобия (48,8%), небольшое количество гэпов (30) и высокий вес выравнивания (306,0). Покрытие составило 82,52% для E. coli и 89,84% для B. subtilis, что указывает на наличие большого консервативного участка, общего и эволюционно важного для обоих белков, и говорит о том, что белки гомологичны на этом участке.
Вывод: белки гомологичны как на отдельном участке, так и по всей длине, что говорит о гомологичности пары в целом. В данном случае локальное выравнивание является немного более информативным, чем глобальное, так как оба выравнивания показывают гомологичность белков, но локальное обладает большей степенью сходства.
DTD_ECOLI / DTD_BACSU (D-aminoacyl-tRNA deacylase)
Глобальное выравнивание (needle) показало высокий процент идентичности (40,4%, что больше 25%) и подобия (58,2%), небольшое количество гэпов (15) и высокий вес выравнивания (303,0). Это говорит о том, что белки гомологичны по всей длине.
Локальное выравнивание (water) также показало высокий процент идентичности (46,8%) и подобия (66,7%), отсутствие гэпов и высокий вес выравнивания (306,0). Покрытие составило 89,90% для E. coli и 95,45% для B. subtilis, что указывает на наличие большого консервативного участка, общего и эволюционно важного для обоих белков, и говорит о том, что белки гомологичны на этом участке.
Вывод: белки гомологичны по всей длине. Глобальное и локальное выравнивания показали схожие результаты, что подтверждает высокую степень сходства. В данном конкретном случае оба типа выравнивания можно считать информативными, но локальное показало больший процент сходства.
MOTA_ECOLI / MOTA_BACSU (Motility protein A)
Глобальное выравнивание (needle) показало высокий процент идентичности (26,1%, что больше 25%) и подобия (43,1%), небольшое количество гэпов (33) и высокий вес выравнивания (235,5). Это говорит о том, что белки гомологичны по всей длине.
Локальное выравнивание (water) также показало высокий процент идентичности (27,2%) и подобия (44,9%), небольшое число рэпов (25) и высокий вес выравнивания (240,5). Покрытие составило 96,61% для E. coli и 97,78% для B. subtilis, что указывает на наличие большого консервативного участка, общего для обоих белков, и говорит о том, что белки гомологичны на участке.
Вывод: белки гомологичны по всей длине. Глобальное и локальное выравнивания показали схожие результаты, что подтверждает высокую степень сходства. В данном случае оба типа выравнивания можно считать информативными, но локальное дало незначительно лучший процент идентичности.
Были выбраны белки NUSA_ECOLI и PTMA_BACSU
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1, % | Coverage 2, % |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transcription termination/antitermination protein NusA | Mannitol-specific phosphotransferase enzyme IIA component | NUSA_ECOLI | PTMA_BACSU | 44,0 | 20,3 | 39,0 | 22 | 4 | 20,61 | 78,32 |
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transcription termination/antitermination protein NusA | Mannitol-specific phosphotransferase enzyme IIA component | NUSA_ECOLI | PTMA_BACSU | 32,0 | 6,6 | 11,8 | 392 | 11 |
Вывод: Белки не являются гомологичными, так как имеют низкий процент идентичности (6,6% для глобального и 20,3% для локального выравнивания, что меньше 25%), низкий процент подобия (11,8% для глобального и 39,0% для локального выравнивания) и большое количество гэпов (22 в локальном и 392 в глобальном выравнивании). Оба типа выравнивания не показали высокой степени эволюционного сходства между последовательностями, что свидетельствует о неродственности и негомологичности белков.
Для множественного выравнивания выбраны белки с мнемоникой MOTA_.
Рекомендованное полное имя белка из ECOLI: Motility protein A
С помощью команды: infoseq 'sw:MOTA_*' -only -name -nohead
было найдено 13 белков, из которых было выбрано 7 белков:
MOTA_TREPH
MOTA_AGRFC
MOTA_HELPJ
MOTA_ECOLI
MOTA_BACSU
MOTA_CERSP
MOTA_RHIME
Выравнивание было сделано в Jalview: Web Service -> Aligment -> Muscle with Defaults
Колонки были покрашены с помощью Colour -> Percentage Identity.
В выравнивании наблюдается большое количество консервативных участков и малый процент гэпов, что свидетельствует о гомологичности белков.
Cкачать проект Jalview