С помощью команды fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-форма дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "GATC".
Ссылка на файлы с различными формами молекулы ДНК: A-форма,B-форма,Z-форма
В B-форме дуплекса ДНК визуально были определены большая и малая бороздки.
В качестве азотистого основания выбран цитозин. Дня него было определено, какие атомы основания обращены в сторону большой бороздки, а какие - в сторону малой. С помощью программы PyMol было получено изображение цитозина (рисунок 1), где красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим - в сторону малой.
Номер выбранного основания - C3
В сторону большой бороздки обращены атомы: C4, N4, C5, C6
В сторону малой бороздки обращены атомы: N1, C2, O2
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 30,9 | 30,1 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16,7 (8:A.P — 11:B.P) |
16,7 (5:A.P — 16:B.P) |
18,1 (3:A.P — 8:B.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 13,2 (3:A.P — 5:B.P) |
10,9 (10:A.P — 20:B.P) |
11,0 (6:A.P — 12:B.P) |
Для работы была выбрана структура лейциновой тРНК кишечной палочки (Escherichia coli)9J4N.
Предварительно файл был переведен в старый формат при помощи команды: ! remediator --old ''9J4N.pdb'' > ''9J4N_old.pdb
Для анализа структуры был использован следующий конвейер: find_pair -t 9J4N_old.pdb stdout | analyze
В результате мы получили следующий файл: 9J4N_old.out