С помощью команды fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-форма дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "GATC".
Ссылка на файлы с различными формами молекулы ДНК: A-форма,B-форма,Z-форма
В B-форме дуплекса ДНК визуально были определены большая и малая бороздки.
В качестве азотистого основания выбран аденин. Дня него было определено, какие атомы основания обращены в сторону большой бороздки, а какие - в сторону малой. С помощью программы PyMol было получено изображение цитозина (рисунок 1), где красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим - в сторону малой.
Номер выбранного основания - A5
В сторону большой бороздки обращены атомы: C5, C6, N6, N7, C8
В сторону малой бороздки обращены атомы: N1, C2, N3, C4, N9
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 30,9 | 30,1 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16,7 (8:A.P — 11:B.P) |
16,7 (5:A.P — 16:B.P) |
18,1 (3:A.P — 8:B.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 13,2 (3:A.P — 5:B.P) |
10,9 (10:A.P — 20:B.P) |
11,0 (6:A.P — 12:B.P) |
Для анализа была выбрана структура аспартатной тРНК из пекарских дрожжей (Saccharomyces cerevisiae) -1IL2.
Предварительно файл был переведен в старый формат при помощи команды: ! remediator --old ''1IL2.pdb'' > ''1IL2_old.pdb
Для анализа структуры был использован следующий конвейер: find_pair -t 1IL2_old.pdb stdout | analyze
В результате мы получили следующий файл: 1IL2_old.out
Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре тРНК: (901-907 и 972-966 - акцепторный стебель), (910-913 и 925-922 - D-стебель), (938-944 и 932-926 - антикодоновый стебель), (949-953 и 965-961 - Т-стебель).
Неканонические пары оснований в структуре тРНК: 5 U-G, 13 t(5-метилуридин)-A, 14 P(псевдоуридин)-G, 15 C-P, 17 U-G, 21 A-G, 22 G-U, 25 P-G, 29 U-U, 34 U-G, 42 t-A, 43 P-G, 44 C-P, 46 U-G, 50 A-G, 51 G-U, 54 P-G, 56 A-A, 58 U-U.
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 955P-917G, 908U-946A, 914A-921A, 954t-958A.