Практикум 11
Выбранное семейство доменов из Pfam - PF00284
Описание семейства
Домен люминальной части цитохрома b559, альфа (ген psbE) субъединицы.
| AC pfam | PF00284 | |
|---|---|---|
| ID pfam | Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit | |
| #SEED | 33 | |
| #All | 14k | |
| #SW | 126 | |
| #architectures | 19 | |
| #3D | 149 | |
| Taxonomy | #eukaryota | 12585 |
| #archaea | 0 | |
| #bacteria | 734 | |
Цитохром b559 является важным компонентом фотосистемы II, Цитохром b559, входящий в состав ядра реакционного центра PSII, представляет собой гетеродимер, состоящий из одной альфа-субъединицы (PsbE), одной бета-субъединицы (PsbF) и кофактора гема. Хотя цитохром b559 является окислительно-восстановительным белком, он вряд ли участвует в первичном транспорте электронов в PSII из-за своей очень медленной кинетики фотоокисления и фотовосстановления. Вместо этого цитохром b559 может участвовать во вторичном транспорте электронов, который помогает защитить PSII от фотоповреждения.
Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
| Выравнивание seed | 33 последовательности, 39 колонок |
|---|---|
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 1-4 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 1[L], 2[A], 3[Y], 4[D], 7[G], 9[P], 10[R], 11[P], 14[Y], 23[P], 28[R] |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) | 1-14 (первые 11 последовательностей) |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 1-14, 19, 23, 28 |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | отсутствует |
Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
Доменная рахитектура PF00283-PF00284, представленная P48268, и доменная архитектура PF00283-PF00284-PF00283, представленная S8D1L1.
E-value = 2e-46
Per. Ident. = 74.68%
Вторая диагональ соответсвует второму повторяющемуся участку PF00283 архитектуры PF00283-PF00284-PF00283.