Выбор белка

В практикуме будет рассматриваться белок bL36 большой рибосомальной субъединицы бактерии Microbacterium sediminis. Данный белок был найден по запросу: (taxonomy_id:904291) AND (keyword:ribosomal). Поиск выдал 53 результата. Именно A0A1B9NDG8 был выбран так как он самый короткий, его длина составляет всего 38 АА.

Информация о белке

Рибоомальный белок L36, длиной в 38 аминокислот, это белок большой рибосомальной субъединицы bL36, его ген в неизменном виде встречается у многих бактерий (Escherichia coli, Cronobacter sakazakii, Salmonella typhimurium и paratyphia и т.д.). Это самый маленький белок большой субъединицы прокариотической рибосомы. L36 богат цистеином и, вероятно, участвует в поздней сборке 50S-частицы, трансляции in vitro и росте клеток.

Поисковые запросы

Данный белок очень распростронен, это подтверждается результатом запроса (gene:rpmJ) NOT (taxonomy_id:904291) AND (protein_name:bL36), который выдал 32,348 результата. Посмотрим есть ли данный ген rpmJ среди архей. Запрос: (gene:rpmJ) AND (taxonomy_id:2157). Результатов всего 6 и в каждом из них название белка - 50S ribosomal protein L36.

L36 маленький белок, интересно посмотреть может ли на том же гене rpmJ быть белок длиной больше 100 АА и будет ли это тот же белок. Запрос: (gene:rpmJ) AND (length:[100 TO 500]). Результатов 30. Часть из них рибосомальные белки, но встречаются и многофункциональные гибридные белки. Самый длинный белок - 187 АА.

Так же интересно узнать какие другие рибосомальные белки есть у Microbacterium sediminis. Запрос (taxonomy_id:904291) AND (protein_name:ribosomal) дал 66 результатов.