Практикум 9
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 1.
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chromosomal replication initiator protein DnaA | DNAA_ECOLI | DNAA_BACSU | 990.0 | 42.3% | 61.9% | 43 | 9 |
| Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI | FABI_ECOLI | FABI_BACSU | 650.5 | 50.2% | 67.2% | 10 | 4 |
| L-Ala-D/L-Glu epimerase | AEEP_ECOLI | AEEP_BACSU | 257.0 | 27.7% | 43.3% | 57 | 16 |
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 2
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chromosomal replication initiator protein DnaA | DNAA_ECOLI | DNAA_BACSU | 994.0 | 43.6% | 63.5% | 33 | 7 | 93,14% | 87,70% |
| Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI | FABI_ECOLI | FABI_BACSU | 651.5 | 51.6% | 69.0% | 4 | 3 | 97,32% | 99,61% |
| L-Ala-D/L-Glu epimerase | AEEP_ECOLI | AEEP_BACSU | 263.5 | 31.1% | 47.5% | 24 | 13 | 93,14% | 87,70% |
Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Таблица 3
| Alignment algorithm | ID 1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | FIMZ_ECOLI | DHG2_BACSU | 24.5 | 14.4% | 28.2% | 114 | 14 | - | |
| water | 43.5 | 19.3% | 36.9% | 42 | 9 | 83,81% | 60,47% | ||
Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
a) Была выбрана мненоника DNAA - белок инициирующий хромосомную репликацию (Chromosomal replication initiator protein DnaA). Запрос: DNAA AND (reviewed:true). Было получено 1366 результатов. Для выравнивания я выбрала DNAA_SERMA (Serratia marcescens), DNAA_MYCTA (Mycobacterium tuberculosis), DNAA_TREPA (Treponema pallidum), DNAA_STRCO (Streptomyces coelicolor), DNAA_YERPE(Yersinia pestis).
б) выравнивание делалось с помощью алгоритма muscle.
г) Все белки имеют очень схожий участок 341-680, а DNAA_SERMA, DNAA_MYCTA, DNAA_TREPA так же имеют такой участок 46-122. Это говорит о том, что, несмотря на сильные различия, они имеют общее происхождение, а DNAA_SERMA, DNAA_MYCTA, DNAA_TREPA ближе друг к другу чем к остальным. Так же в глаза бросается большое количество вставок у DNAA_YERPE.
Консервативные участки длинее 1 аминокислоты: 345-347, 349-350, 360-362, 365-366, 372-377, 383-392, 434-435, 441-448, 452-453, 456-464, 472-473, 477-479, 481-482, 488-491, 494-499, 505-519, 548-559, 626-627, 629-630, 635-637, 640-645, 648-646, 662-663