Практикум 3. Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1.
Полученные с помощью рограммы fiber пакета 3DNA A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК:
Задание 2.
Для этого задания была выбрана B-форма ДНК (pdb:1BNA).
Экспериментальная структура имеет более неровный ход с небольшими смещениями.
Цитозин - заданной основание, был выбран А/9 в структуре 1BNA.
В сторону большой бороздки обращены атомы: C9.N1, C9.C2, C9.O2, C9.N3
В сторону малой бороздки обращены атомы: C9.C6, C9.C5, C9.C4, C9.N4
Характеристики A-, B-, Z-форм ДНК.
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| тип спирали | правая | правая | левая |
| шаг спирали (Å) | 26,4 | 33,78 | 43,5 |
| число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| ширина большой бороздки (Å) | 16.8 (A/DC'8/P - B/DT'35/P) |
17,21 (A/DG`13 -B/DG`25/P) |
- |
| ширина малой бороздки (Å) | 7,99 (A/DG`9/P -B/DA`26/P) |
11.7 (A/DT'11/P - B/DA'34/P) |
7.2 (A/DG'7/P - B/DG'37/P) |
Задание 3.
Заданная структура - 1F7V.
Анализ: find_pair -t 1f7v.pdb stdout | analyze
Судя по торсионным углам, значения которых можно найти в файле 1f7v.out с 529й строчки, больше всего данная структура похожа на А-форму.
В файле 1f7v.out начиная с 107й строчки (RMSD of the bases) и с 140й (Detailed H-bond information) была взята информация о водородных связях и стеблях.
Координаты стеблей:
| 1 | 901-PUCCUCG-907 |
| 966-AAGGGGC-972 |
| 2 | 949-cCAGG-953 |
| 965-GGUCC-961 |
| 3 | 939-CCAGAA-944 |
| 931-GGUCPg-926 |
| 4 | 910-gCCC-913 |
| 925-CGGC-922 |
9 неканонических пар: Неканонические пары: P901-**--A972, 905U-*---G968, 954t-**--a958, 955P-**+-G917, 943A-**--P927, 944A-*---g926, 913C-**--C922, 914A-**--U908, 915A-**+-U948
Дополнительные водородные связи, стабилизирующие третичную структуру: 953G-C961, 952t-a958, 955P-G917, 914A-U908, 915A-U948, 918G-C956.