Задание 1.

Программа einverted (einverted -sequence 1f7v.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outf -outseq seqout) выдала один участок почти совпадающий с актцепторным стеблем(на 1 нуклеотид меньше), предсказание программы представленно на рисунке. Файл 1f7v.seq содержит последовательность 1F7V из NCBI.

Предсказание алгоритмом Зукера полученное с помощью RNAfold так же представленно на рисунке.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair )	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	901-PUCCUCG-907 966-AAGGGGC-972	2 tcc-cg 7 71 agg-gc 66	6 пар из 7 предсказано
Т-стебель	949-cCAGG-953 965-GGUCC-961	-	6 пар из 4 предсказано
D-стебель	910-gCCC-913 925-CGGC-922	-	5 пар из 6 предсказано
Антикодоновый стебель	939-CCAGAA-944 931-GGUCPg-926	-	5 пар из 5 предсказано
Общее число канонических пар нуклеотидов	22	5	22

Как видно из таблицы алгоритм Зукера лучше справился в предсказанием структуры тРНК чем einverted.

Задание 2.

Упр.1

Скрипт JMol для определения множеств set1(кислород 2'-дезоксирибозы), set2(кислород в остатке фосфорной кислоты) и set3(азот в азотистых основаниях). Так же данный скрипт поочередно визуализирует их.

Упр.2

Для анализа предлагается взять Н цепь белка.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	9	9
остатками фосфорной кислоты	5	4	9
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	5	5	10
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

По таблице видно, что цепь Н взаимодействует только с большой бороздкой, что можно обьяснить тем что цепь состоит из 4 коротких альфа-спиралей, одна из которых встроена в углубление большой бороздки. С остатками фосфорной кислоты количество контактов практически совпадает, а с остатками дезоксирибозы есть только 9 неполярных контактов, что делает их реобладающими по сравнению с полярными.

Упр.3

Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью nucplot:

Упр.4

Наибольшее количество контактов с ДНК имеют THR397 и GLU399. THR397 взаимождействует с фосфатными остатками напрямую, а так же через молекулу воды.

Скорее всего за распознавание ДНК будет отвечать остаток в той альфа цепи, что находится в угдублении бороздки, а так же имеет больше всего связей с азотистыми основаниям. Таким остатком является GLN414 представленный на рисунке.