Выбор сборки генома эукариотического организма.

Изначально я хотела взять Желтобрюхую жерлянку (yellow-bellied toad, Bombina variegata), но к сожалению для нее не оказалось файла с белковыми последовательностями. Поэтому я просто оставлю здесь ее описание:

Жерлянки маленькие бесхвостые земноводные, взрослые особи не больше 5 см в длину. Их отличает ярко желтая с черно-серыми пятнами окраска брюха. Узор пятен индивидуальный. Bombina variegata питается в основном насекомыми и их личинками, улитками и арахнидами или изоподами. Желтобрюхая жерлянка внесена в красный список находящихся под угрозой видов МСОП, ее статус в Европе - «уязвимый» и популяции сокращаются.

Кариотип Bombina variegata состоит из 24 хромосом (2n).

А теперь выбранный в итоге организм - Дальневосточная жаба (Asiatic toad or Chusan Island toad, Bufo gargarizans)

Дальневосточная жаба очень похожа на Bufo bufo Жабу обыкновенную, но отличается больее выраженными бородавками и меньшими размерами тела (10-15см). Так же как следует из названия обитает она в Азии. Как и у других жаб, у нее есть ядовитые железы за глазами, выделяющие буфотоксины. Ее обработанный яд используют в традиционной китайской медицине.

Кариотип Bufo gargarizans состоит из 22 хромосом (2n).

По запросу Bufo gargarizans (Chusan Island toad) была найдена 1 референсная сборка генома - ASM1485885v1, которая имеет уровень Chromosome.

Характеристики сборки.

D GenBank	GCA_014858855.1
ID RefSeq	GCF_014858855.1
Общий размер генома (п.н.)	4 545 465 442
Число фрагментов (хромосом) генома в сборке	11 (гаплоидный набор)
Число скэффолдов	747
N50 скэффолдов	539 822 115
L50 скэффолдов	4
Число контигов	4 620
N50 контигов	1 738 317
L50 контигов	749

Количество контигов и число скэлффолдов не совпадает с количеством хромосом, а так же уровень сборки подразумевает возможность наличия гепов между скэффолдами, что не позволяет говорить о том, что данная сборка хорошо отражает биологию организма. Но так как она имеет статус референстной то вероятно сборка приемлемо отражает биологию. А так же количество хромосом совпадает с указанным в другом источнике [3].

Скачанные файлы.

GCF_014858855.1_ASM1485885v1_genomic.fna.gz	последовательности ДНК генома в формате FASTA
GCF_014858855.1_ASM1485885v1_protein.faa.gz	последовательности белков в формате FASTA
GCF_014858855.1_ASM1485885v1_genomic.gbff.gz	аннотированный геном

Источники

1. Vitelli, L., Batistoni, R., Andronico, F., Nardi, I., & Barsacchi-Pilone, G. (1982). Chromosomal localization of 18S + 28S and 5S ribosomal RNA genes in evolutionarily diverse anuran amphibians. Chromosoma, 84(4), 475–491. doi:10.1007/bf00292849

2. Tan, S., Li, P., Yao, Z., Liu, G., Yue, B., Fu, J., & Chen, J. (2021). Metabolic cold adaptation in the Asiatic toad: intraspecific comparison along an altitudinal gradient. Journal of Comparative Physiology B. doi:10.1007/s00360-021-01381-x

3. Chen, Q.; Shi, S.; Lu, N.; Shen, C.; Jiang, J. Karyotypes of 10 Anuran Species from the Qinghai–Tibetan Plateau. Diversity 2023, 15, 947. https://doi.org/10.3390/d15090947