В прошлом практикуме были выбраны 13 организмов. Были получены последовательности их цитохромов В cyb.fasta, выравнивание было сделано с помощью Mafft в Jalview. Потом переведены в формат phylip-relaxed с помощью AlignIO из BioPython cyb.phy

FastME с p-distance

Программа - FastME, модель эволюции - p-distance, алгоритм филогенетической реконструкции - Minimum evolution.

!!!

команда: fastme -i cyb.phy -pp-distance -o fastME_pd_out.tree

FastME с MtREV

Программа - FastME, модель эволюции - MtRev, алгоритм филогенетической реконструкции - Minimum evolution.

команда: fastme -i cyb.phy -pMtRev -o fastME_mt_out.tree

IQ-tree

Программа - IQ-tree, модель эволюции - ???, алгоритм реконструкции - Maximum likelihood.

команда: iqtree -s cyb.phy