В прошлом практикуме были выбраны 12 организмов. Были получены последовательности их цитохромов В cyb.fasta, выравнивание было сделано с помощью Mafft в Jalview c дефолтными параметрами. Потом переведены в формат phylip-relaxed с помощью AlignIO из BioPython cyb.phy.

FastME с p-distance

Программа - FastME, модель эволюции - p-distance, алгоритм филогенетической реконструкции - Minimum evolution.

команда: fastme -i cyb.phy -pp-distance -o fastME_pd_out.tree

рис.1. Дерево полученное программой FastME с моделью p-distance. Переукореннено согласно дереву видов. Отличие от дерева видов: CONCR и TURTR перепутаны местами.

FastME с MtREV

Программа - FastME, модель эволюции - MtRev, алгоритм филогенетической реконструкции - Minimum evolution.

команда: fastme -i cyb.phy -pMtRev -o fastME_mt_out.tree

рис.2. Дерево полученное программой FastME с моделью MtRev. Переукореннено согласно дереву видов. Отличие от дерева видов: CONCR и TURTR перепутаны местами.

IQ-tree

Программа - IQ-tree, модель эволюции - mtMAM+G4, алгоритм реконструкции - Maximum likelihood.

команда: iqtree -s cyb.phy

рис.3. Дерево полученное программой IQ-tree с моделью mtMAM+G4. Переукореннено согласно дереву видов. Отличие от дерева видов: MUNMU и TURTR не обьеденены в отдельную кладу, нет клады ((MUNMU, TURTR), (GLOSR, PIPKU), CONCR).