Множественное выравнивание

Для выполнения практикума я выбрала известный белок миозин, а именно тяжёлую цепь его девятой изоформы.


Рис. 1: Домены в исследуемом белке.

Для выравнивания были взяты первые 20 белков выдачи BLAST, включая человеческий миозин-9, по которому производился поиск. При приведении результатов выравнивания в порядок была удалена последовательность тяжёлой цепи не-мышечного мизозина дрозофиллы, который играет роль в формировании межклеточных контактов, а также специфичного для насекомых джонстонова органа. Были удалены и другие последовательности. После выполнения всех операций в выравнивании осталось 10 последовательностей (рис.2).

Рис. 2: Последовательности, оставшиеся в выравнивании.

Было найдено 11 больших блоков в выравнивании. Так как последовательность белка длинная, и консервативных позиций много, я сознательно пренебрегала небольшими блоками. Получившиеся блоки имеют координаты: 27-207, 212-845, 894-975, 1134-1176, 1313-1333, 1410-1496, 1514-1592, 1645-1657, 1731-1750, 1777-1830, 1881-1913.

Бластом в pfam было найдено два основных функциональных домена исходного человеческого миозина-9. Это головка миозина (pfam00063) c координатами 83-764 и хвост (pfam01576) с координатами 841-1921. Также особо важен участок 174 – 181, в котором происходит связывание АТФ. Как мы видим, эти интервалы хорошо согласуются с найденными блоками. Однако мы не можем объединить блоки 27-207, 212-845 так, чтобы головка миозина находилась в пределах одного блока из-за небольшого разделяющего их участка с делециями. Очень интересно то, что данные делеции есть только у миозина-9 из разных организмов, причём они встречаются у всех белков миозина-9 в одних и тех же сайтах. Последовательность АТФ-связывающего участка содержит только 100% консервативные сайты.

скачать проект Jalview
скачать изображение выравнивания