Формы ДНК

pdb A-формы
pdb B-формы
pdb Z-формы

Структуры 3х форм ДНК (A, B, Z) были получены при помощи 3DNA.
im
Рис. 1.

Тимин, синим обозначены атомы, смотрящие внутрь малой бороздки, красным - большой.
Получено при помощи MarvinSketch



im
Рис. 2.

Тимин в цепи, синим обозначены атомы, смотрящие внутрь малой бороздки, красным - большой.
Получено при помощи Jmol


В сторону большой бороздки обращены атомы a8.c7, a8.c5, a8.c4 и a8.o4. В сторону малой - a8.n1, a8.o2, a8.c2.

А-форма В-форма Z-форма
тип спирали правая правая левая
шаг спирали 28.03 33.75 43.5
число оснований на виток 11 10 12
ширина большой бороздки 16.97: [DG]9:A.P #165 - [DT]35:B.P #700 17.3: [DA]14:A.P #269 - [DG]33:B.P #657 18.59: [DG]9:A.P #165 - [DC]30:B.P #597
ширина малой бороздки 7.98: [DG]25:B.P #493 - [DA]10:A.P #187 11.69 [DA]18:A.P #351 - [DT]27:B.P #536 9.87: [DC]36:B.P #720 - [DG]9:A.P #165


изображение А-формы с измеренными расстояниями, Jmol ,
изображение B-формы с измеренными расстояниями, Jmol
изображение Z-формы с измеренными расстояниями, Jmol

alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
A-DNA -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
B-DNA -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98
Z-DNA -139.5 21.15 -61.5 116.25 -103.6 -64.8 -47.8
1g59_RNA -64.7 155.8 51.5 92.8 -151.3 -74.7 -157.3

Можно довольно уверенно сказать, что в плане торсионных углов данная РНК сильно похожа на А-форму ДНК.




im
Рис. 3.

Особенности структуры данной тРНК. Неканонические пары отмечены астериксами.


На рис.3 изображены особенности структуры данной тРНК. Выделены связи, участвующие в формировании стеблей, невыделенные связи стабилизируют структуру тРНК.

im
Рис. 4.

Стекинг-взаимодействие с наибольшей площадью перекрывания.



im
Рис. 5.

"Взаимодействие" без перекрывания.



im
Рис. 6.

Стекинг-взаимодействие с наименьшей площадью перекрывания.