pdb A-формы
pdb B-формы
pdb Z-формы
Структуры 3х форм ДНК (A, B, Z) были получены при помощи 3DNA.
Рис. 1.
Тимин, синим обозначены атомы, смотрящие внутрь малой бороздки, красным - большой. Получено при помощи MarvinSketch
Рис. 2.
Тимин в цепи, синим обозначены атомы, смотрящие внутрь малой бороздки, красным - большой. Получено при помощи Jmol
В сторону большой бороздки обращены атомы a8.c7, a8.c5, a8.c4 и a8.o4.
В сторону малой - a8.n1, a8.o2, a8.c2.
А-форма
В-форма
Z-форма
тип спирали
правая
правая
левая
шаг спирали
28.03
33.75
43.5
число оснований на виток
11
10
12
ширина большой бороздки
16.97: [DG]9:A.P #165 - [DT]35:B.P #700
17.3: [DA]14:A.P #269 - [DG]33:B.P #657
18.59: [DG]9:A.P #165 - [DC]30:B.P #597
ширина малой бороздки
7.98: [DG]25:B.P #493 - [DA]10:A.P #187
11.69 [DA]18:A.P #351 - [DT]27:B.P #536
9.87: [DC]36:B.P #720 - [DG]9:A.P #165
изображение А-формы с измеренными расстояниями, Jmol ,
изображение B-формы с измеренными расстояниями, Jmol
изображение Z-формы с измеренными расстояниями, Jmol
alpha
beta
gamma
delta
epsilon
zeta
chi
A-DNA
-51.7
174.8
41.7
79.1
-147.8
-75.1
-157.2
B-DNA
-29.9
136.3
31.1
143.3
-140.8
-160.5
-98
Z-DNA
-139.5
21.15
-61.5
116.25
-103.6
-64.8
-47.8
1g59_RNA
-64.7
155.8
51.5
92.8
-151.3
-74.7
-157.3
Можно довольно уверенно сказать, что в плане торсионных углов данная РНК сильно похожа на А-форму ДНК.
Рис. 3.
Особенности структуры данной тРНК. Неканонические пары отмечены астериксами.
На рис.3 изображены особенности структуры данной тРНК. Выделены связи,
участвующие в формировании стеблей, невыделенные связи стабилизируют структуру тРНК.
Рис. 4.
Стекинг-взаимодействие с наибольшей площадью перекрывания.
Рис. 5.
"Взаимодействие" без перекрывания.
Рис. 6.
Стекинг-взаимодействие с наименьшей площадью перекрывания.
© Дарья Ногина, 2018, за прекрасный синий цвет и прекрасный csv, использовавшийся мной как шаблон, огромное спасибо Александру Злобину