С помощью программы EMBOSS einverted, запущенной с опциями Gap penalty=1,
Score treshold=0, были найдены инвертированные повторы. Данные параметры допускают
довольно сильные ошибки, однако, выставление параметров для более требовательного подхода
дало очень короткие участки, которые при этом плохо сопоставлялись с полученным в прошлом
практикуме предсказанием (больше всего совпадали с акцепторным стеблем).
Рис. 1.
Результат работы программы einverted.
По выдаче RNAfold (рис. 2) мы можем судить о том, что её результат довольно сильно сходится с тем, что мы получили в результате выполения второго практикума.
Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между
полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично,
неполярным
контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.
Контакты атомов белка с
Полярные
Неполярные
Всего
остатками 2-дезоксирибозы
3
8
11
остатками фосфорной кислоты
11
6
17
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки
7
5
12
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки
Аминокислота Arg29 имеет наибольшее количество контактов с ДНК.
В файле, полученном при помощи nucplot, можно заметить три аминокислоты, идущие в белке подряд, и образующие в разных цепях водородные связи с остатками фосфорной кислоты.
В связи с тем, что контакты непосредственно с основаниями немногочислены, будем считать, что
аминокислоты Arg27, Ala28 и Arg29 отвечают за связывание белка.
На рис.3 изображён участок контакт трёх упомянутых аминокислот с участком ДНК.
На рис.4 видим, что данная тройка связывается в области большой бороздки ДНК, что является косвенным доказательством того, что она отвечает за связывание. Ведь, как известно, белки намного чаще связываются именно с большой бороздкой ДНК из-за того, что это пространственно проще.
Рис. 3.
Аминокислоты Arg27, Ala28 и Arg29 и участок ДНК. Длины предполагаемых связей менее или близки к 3.5.
Рис. 4.
Схематично изображённая ДНК и аминокислоты Arg27, Ala28 и Arg29, принадлежащие разным цепям белка. Видно, что тройки выбранных аминокислот располагаются в области большой бороздки.
