Прочтения начинаются в прямой последовательности после 11 нуклеотида и заканчиваются после 821, в целом качество падает после 530 нуклеотида.
На обратной последовательности прочтения начинаются после 19 нуклеотида и заканчиваются после 866, в целом качество падает после 670 нуклеотида.
В результате тримминга программа обрезала начальные участки примерно так же, как и предполагалось, а в конце прямую последовательность после 626 нуклеотида, а вторую после 744.
В данных позициях пики цитозина в хроматограмме обратной цепи различимы очень плохо (рис.1).
Рис. 1.
Пики на данном нуклеотиде в целом довольно низкие, поэтому пик тимина, хоть его и видно, не распознался автоматически (рис.2).
Рис. 2.
Пик цитозина почти перекрылся с чересчур широким пиком предыдущего аденина (рис.3).
Рис. 3.
Два идущих следом гуанина из-за большей силы сигнала для повторяющихся нуклеотидов помешали распознаванию цитозина (рис.4).
Рис. 4.
Могло бы создаться впечатление, что вместо тройки неопознанных нуклеотидов находится один G, однако комплиментарная цепь помогла восстановить истинную последовательность (рис.5).
Рис. 5.
Анализ контига в бласте не дал однозначного результата при
настройках по умолчанию, но из выдачи ясно, что
последовательность принадлежит червю из семейства Diphyllobothriidae (возможно, широкому лентецу).
Примеры нечитаемых участков хроматограмм.
На рис.6 изображён конец последовательности обратной цепи рассматриваемой последовательности.
Видимо, причина такого сильного пика - пятно краски.
Рис. 6.
На рис.7 изображён фрагмент "плохой" хроматограммы. В целом хроматограмма
на вид отличается от "хороших" хроматограмм и немного пугает.
Однако, пики хроматограммы в основном располагаются на одинаковом расстоянии друг от друга,
но на рис.7 изображён странный участок, где расстояние между пиками нарушено.
Рис. 7.
