Рис.1. Общее филогенетическое дерево. Его скобочная формула:(((CLOTE,
CLOBA),MOOTA), (((((STRP1,STRPN),
LACLM),(LACAC,LACDA)),ENTFA),((STAAR,STAES),(((BACAN,BACSU),GEOKA),LISMO))));
Набор нетривиальных разбиений:
{BACAN, BASCU} VS {GEOKA, LACAC, ENTFA, CLOTE, CLOBA}
{BACAN, BASCU, GEOKA} VS {LACAC, ENTFA, CLOTE, CLOBA}
{BACAN, BASCU, GEOKA, LACAC, ENTFA} VS {CLOTE, CLOBA}
Рис.3. Таксономия выбранных бактерий.
Выбранный белок: 16S рРНК-метилтрансфераза H (RSMH).
Было построено выравнивание белковых последовательностей в программе muscle.
Затем оно было отредактировано, оставлена только мнемоника вида.
Задание 4
Все протеомы нужных бактерий были объеденены в all.fa. Потом создана база данных
для локального поиска.
makeblastdb -in all.fa -dbtype prot
blastp -query CLPX_ECOLI.fa -db all.fa -out res.out -evalue 0.001 Выдача
Рис.4. Филогенетическое дерево с выделенными по группам ортологами + дерево,
где группы ортологичных белков схлопнуты.
summary:
1) группа CLPX - частично соответсвует филогении. Ветвь, отделяющая GEOKA и
BACAN от BACSU, не соответствует филогении.
2) группа HlsU - соответствует филогении
3) группа FtsH - мало соответсвует филогении.
В верхней группе представлены белки CPLX - это компонент Clp протеазы,
отвечающий за ее АТФ-зависимую специфичность.
Разделение CLPX для GEOCA, в соответствие с филогенией,
должно было предшествовать разделению BACAN и BACSU. Разделение между LACAC и
ENTFA можно считать соответсвующим филогении.
Вторая группа состоит из белков HslVU. Во второй группе можно заметить белок CLPY_BACSU - я сначала приняла его за
белок CLPY, однако, его отличие в названии объясняется просто немного другой
аннотации, в целом он ортологичен остальным. То, что пары GEOKA и BACAN и ENTFA и LACAC принадлежат разным ветвям,
согласуется с филогенией.
Следующая группа довольно обширна и включает в себя белки, связанные с
металлами. С филогенией согласуется довольно слабо: так, CLOBH и CLOTE были два раза
выделены в две отдельные ветви. BACAN и GEOKA снова отделены от BACSU, как в
группе CLPX, что не соответсвует филогении.