Сейчас активно идёт подготовка к сдаче зачёта по физиологии, поэтому все мои
мысли в ней. Одна из тем, которую мы пока не проходим, но которая является моей
любимой - это биология сенсорных систем. Поэтому я решила для практикума взять
человеческий белок родопсин.
Родопсин - это фоторецепторный белок. Изомеризация цис-ретиналя
в транс-ретиналь вызывает изменение конформации родопсина, далее передача
сигнала идет через G-белок.
Предсказание трансмембранных участков
Для предсказания использовали сервис TMHMM, применяющий скрытые марковские
модели (HMM). Для этого скопировали из ncbi
protein референсную последовательность человеческого родопсина (NP_000530.1) в
формате fasta и вставили в окошечко.
Видим, что обозначения внутренних и внешних участков чередуются, проверка
результата "на взгляд" пройдена. Видим, что алгоритм довольно четко показывает
границы трансмембранных участков.
Всего получилось 7 трансмембранных, 4 внешних и 4 внутренних участка.
Визуализация положения белка в мембране
Так как сайт MemProtMD у меня так и не прогрузил страничку белка, хотя я
пыталась даже через API до него не смогла достучаться, из него визуализацию я
получить не смогла. Поэтому по id из pdb 4ZWJ я получила не менее красивое
изображение структуры с сайта OPM.
