Beluga whale coronavirus SW1 (Coronaviridae; Orthocoronavirinae;
Gammacoronavirus; Cegacovirus), число поздних генов: 13,
Upstrem последовательности в 100 нуклеотидов вырезала при помощи команд по типу:
samtools faidx sequence.fasta NC_010646.1:START-STOP >> all.fasta
Полноценным консенсусом можно было бы считать только первый из представленных на
картинке ниже, потому что он был найден почти во всех последовательностях.
Изображения полученных консенсусов:
Расположение. Красный прямоугольник - выбранный консенсус.
Давайте поближе посмотрим на консенсус:
Сначала, его LOGO:
Выравнивание:
После я запустила FIMO с поиском только по данной цепочке. Ничего дельного не
нашлось, разброс по координатам неприятный. При малейшем уменьшении порога
выдача сразу разрасталась, разброс по координатам сохранялся.
1) Длина мотива - 15, а не 6
2) Core sequence в стате указана как CTAAC, в найденном мной от него остались
с какой-то долей уверенности только повторяющиеся аденины
3) выбранный мотив был найден перед 11 последовательностями из 13, однако, FIMO
нашел только для трех последовательностей
4) e-value того, что всё же нашлось, довольно низкое.
Мы можем сделать вывод о том, что найденный мотив довольно слабый, и возможно, не
является сигналом, регулирующим синтез мРНК поздних генов.
Однако, все остальные, найденные при помощи MEME, мотивы были найдены только
перед небольшим количеством последовательностей.
