PSI-BLAST

Мой выбор пал на белок HPF (hibernation promoting factor). Термин ribosomal hibernation обозначает процесс димеризации 70S рибосом в одну 100S рибосому. Наш белок участвует в этом процессе вместе с модулирующим фактором рибосом RMF. Процесс протекает так: сначала RMF связывается с рибосомами и способствует их превращению в незрелые 90S рибосомы. Затем подходит HPF, и вместе с RMF они катализируют превращение 90S в зрелые 100S рибосомы. Такая димеризация рибосом нужна для переживания бактериями неблагоприятных условий. Кстати, похожая димеризация для млекопитающих была найдена в раковых клетках в условии недостатка питательных веществ, но димеризующие факторы ещё не найдены.
В целом, тема очень интересная! Статьи можно почитать по ссылкам:
1. Gohara DW, Yap MF. Survival of the drowsiest: the hibernating 100S ribosome in bacterial stress management. Curr Genet. 2018;64(4):753–760. doi:10.1007/s00294-017-0796-2
2. Beckert, B., Turk, M., Czech, A. et al. Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1. Nat Microbiol 3, 1115–1121 (2018). https://doi.org/10.1038/s41564-018-0237-0
Комментарии к результатам
Мой белок и худшая находка выше порога оба Ribosome hibernation promoting factor. Только исходный белок свойственнен бактерии Synechococcus Agmenellum quadruplicatum, а находка HPF_ACIFR - бактерии Acidithiobacillus ferrooxidans. Надо сказать, организмы довольно сильно различаются: первое - цианобактерия, второе - протеобактерия. Первый белок ниже порога же совсем плохо соотносится с димеризацией рибосом, точнее, совсем никак не соотносится. Это ARMB_ARMME, синтаза орселлиновой кислоты. Эта кислота - промежуточный продукт в синтезе депсидов, уникальных для лишайников соединений.



Эндонуклеазы рестрикции
Эндонуклеазы рестрикции - белки, разрезающие ДНК в определённом сайте. Каждая эндонуклеаза обладает собственным сайтом рестрикции. Если рестриктаза активна в данной бактерии, то против ее сайта рестрикции ведется отрицательный отбор, чтобы риск расщепления собственной ДНК бактерии был минимальным. Используя наше знание об этой тенденции, найдем активные рестриктазы в клетке. Запустим программу cbalc, которая выдаёт отношения числа встреч в геноме сайта рестрикции к ожидаемому количеству встреч этого сайта. Если это отношение меньше единицы, то реальное число встреч меньше ожидаемого, и мы можем считать, что идет отрицательный отбор, особенно если это значение не превосходит порог 0,8.
список команд:

cp /P/y18/term4/pr8/TypeII_REs.tsv .
cut -f5 TypeII_REs.tsv | sort | uniq > sites.txt
sed -r '/^.{,3}$/d' sites.txt > long_sites.txt
cbcalc -s long_sites.txt -o sites.tsv -K o_oeni.fasta
sort -k5,5g -n -r sites.tsv

Порог 0.8 перешел только один сайт CCTAGG. Для разнообразия я взяла ещё следующий сайт GTATAC с o/e ratio 0.845.
Эти сайты отвечают рестриктазам BspLL01ORF6270P и Oac6304ORF2383P.
скачать скрипт