Консервативные остатки белка SODF_ECOLI

Матрица попарного совпадения (в процентах) последовательностей 10 ортологов моего белка

                  1     2     3      4       5      6      7      8      9     10
 1. SODF_ECOLI  100%                                                                  
                
 2. SODF_PHOLE   74%  100%                                                     

 3. SODF_COXBU   61%   63%   100%                                           

 4. SODF_PLEBO   56%   54%    56%   100%                                    

 5. SODF_LEGPH   66%   62%    64%    55%   100%                             

 6. SODF_BABBO   55%   55%    51%    47%    56%   100%                      

 7. SODF_PSEAE   71%   68%    66%    58%    65%    54%   100%               

 8. SODF_PSEPU   66%   64%    59%    52%    63%    53%    88%   100%        

 9. SODF_BORPE   72%   63%    61%    57%    70%    55%    73%    69%   100% 

10. SODF_CAMJE   46%   43%    40%    37%    38%    33%    44%    42%    42%   100%

Множественное выравнивание выборки из 10 ортологов моего белка

Выравнивание построено программой emma из пакета EMBOSS

Красным цветом выделены абсолютно консервативные позиции
Синим цветом выделены позиции, консервативные не менее чем на 80%

Остатки, контактирующие с лигандом (находящиеся не далее 5 ангстрем от него), изображены в шарнирной модели, аминокислотная последовательность белка — в остовной модели.

Все контактирующие с лигандом остатки являются абсолютно консервативными (исходя из данной выборки) у родственников SODF_ECOLI.
Из 7 контактирующих с Fe остатков 4 располагаются рядом, входя в участок высокой консервативности (157,159,161,162)

Такие результаты и следовало ожидать: поскольку все ортологи SODF_ECOLI связывают железо (из названия: Fe – зависимые супероксид дисмутазы), участки связывания лиганда должны быть достаточно консервативны.