На страницу 2 семестра

Банки данных Swiss-Prot и UniProt

Данные банка Swiss-Prot о белке SODF_ECOLI

Характеристика Метка поля Запись
Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа AC P09157
Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности) ID SODF_ECOLI
Название белка, отражающее его функции DE Fe-зависимая Супероксид дисмутаза (EC 1.15.1.1)
Дата создания документа DT 01 марта 1989г.
Дата последнего исправления аннотации DT 01 февраля 2005г.
Название организма OS Escherichia coli, Escherichia coli O6, Escherichia coli O157:H7, Shigella flexneri.
Полное название таксона OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia.
Длина последовательности SQ 192 а.о.
Молекулярная масса белка SQ 21135 а.е.м.
Число публикаций, использованных при создании документа RN 14
Название журнала с самой свежей публикацией RL Infect. Immun. 71:2775-2786(2003).
Описание вторичной структуры FT Имеется описание, где слева указаны элементы вторичной структуры (альфа-спираль - HELIX, бета-тяж - STRAND, поворот - TURN), во втором и третьем столбцах - начало и конец каждого элемента вторичной структуры соответственно.
Что содержит поле комментариев? CC
  1. Функция (FUNCTION): разрушение радикалов, которые в норме синтезируются внутри клеток и токсичны для биологических систем.
  2. Катализируемая реакция (CATALYTIC ACTIVITY ) : 2 супероксида + 2H+= O2 + 2H2O2
  3. Кофактор (COFACTOR): 1 атом железа на субъединицу.
  4. Характер и количество субъединиц (SUBUNIT): гомодимер.
  5. Систематическая принадлежность (COFACTOR): принадлежит к семейству железных/марганцевых супероксид дисмутаз.
Какие особенности последовательности указаны? FT 1. Является ли метионин инициирующей аминокислотой (INIT_MET): в нашем случае - да.
2.Участки, связывающие металл (METAL) - остатки 26, 73, 156, 160 связывают железо.
3.Данные о втроричной структуре.
Идентификатор файла PDB DR Приведено 3 PDB-кода: 1ISA, 1ISB, 1ISC.

  • Болеее подробное описание белка SODF_ECOLI в Swiss-Prot

    Результаты поиска в БД UniProt белков с тем же кратким описанием (DE), что и у белка SODF_ECOLI

    Таксон Запрос Количество найденных документов
    Археи (Archaea) ((((([uniprot-Description:superoxide*] & [uniprot-Description:dismutase*]) & [uniprot-Description:fe*]) & [uniprot-Description:1.15.1.1*]) | [uniprot-Description:superoxide dismutase* fe* 1.15.1.1*]) & [uniprot-Taxonomy:Archaea*]) 7
    Бактерии (Bacteria) ((((([uniprot-Description:superoxide*] & [uniprot-Description:dismutase*]) & [uniprot-Description:fe*]) & [uniprot-Description:1.15.1.1*]) | [uniprot-Description:superoxide dismutase* fe* 1.15.1.1*]) & [uniprot-Taxonomy:Bacteria*]) 78
    Эукариоты (Eukaryota) ((((([uniprot-Description:superoxide*] & [uniprot-Description:dismutase*]) & [uniprot-Description:fe*]) & [uniprot-Description:1.15.1.1*]) | [uniprot-Description:superoxide dismutase* fe* 1.15.1.1*]) & [uniprot-Taxonomy:Eukaryota*]) 10

  • Данные получены в поисковой системе SRS


    © Лев Шагам,2005