Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP

Бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям дерева

Ветви, включенные в консенсусное дерево         Бутстреп-значение 
abcdef
..****                                          100.00
..**..                                          95.00
....**                                          66.00

Ветви, не включенные в консенсусное дерево      Бутстреп-значение 
abcdef
..**.*                                          29.00
..*.**                                          5.00
..***.                                          5.00

Консенсусное дерево
                       +------d
                +-95.0-|
                |      +------c
         +100.0-|
         |      |      +------e
  +------|      +-66.0-|
  |      |             +------f
  |      |
  |      +--------------------b
  |
  +---------------------------a

Итак, консенсусное дерево полностью совпадает с реальным деревом эволюционной модели. Их топология приведена выше.

Визуализация деревьев в пакете PHYLIP

Ниже приведены два изображения дерева, полученного методом Neighbor-Joining: слева — в неукоренененной форме (программа drawtree), а справа — в виде филограммы, ориентированной горизонтально и укорененной в среднюю точку (программа drawgram).