На страницу 4 семестра

Классификация функций. Ферменты.

Код фермента

• EC 3: гидролазы
• EC 3.4: пептидазы (действуют на пептидные связи)
• EC 3.4.11: аминопептидазы
• EC 3.4.11.1: лейцин аминопептидаза (рекомендованное название)

Характеристика фермента при помощи ресурса Brenda

Лимонная кислота

EGTA

Схема ферментативной реакции: отсутствует Количество всех ферментов с таким кодом: 256 Ингибиторы: в эту группу входит лимонная кислота (Citric acid) — см. рис. Активаторы: в эту группу входит EGTA — см. рис. Оптимум pH: изменяется от 5 у Aspergillus oryzae до 10.5 у Bos taurus.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

    Аминокислотные последовательности доменов были получены при помощи программ seqret и entret пакета EMBOSS, выравнивание доменов проведено программой needle из того же пакета:

entret sw:P68767
seqret ampa_ecoli.entret -sask
entret sw:P28838 -auto
seqret ampl_human.entret -sask
needle ampl_human1.fasta ampa_ecoli1.fasta
needle ampl_human2.fasta ampa_ecoli2.fasta

Домен Pfam \ ID белка	AMPA_ECOLI	AMPL_HUMAN
Peptidase_M17_N	19-147	5-137
Peptidase_M17	184-491	164-477

Глобальное выравнивание доменов Peptidase_M17_N (программа needle)

Identity:      34/144 (23.6%)
AMPL_HUMAN         1 VLGIYSKEKEDDVPQFTSAGENFDKLLAGKLRETL---NISGPPLKAGKT     47
                     |:|::...:      .:...|..||:..|.:...|   .:.|.|   |:|
AMPA_ECOLI         1 VVGVFEPRR------LSPIAEQLDKISDGYISALLRRGELEGKP---GQT     41

AMPL_HUMAN        48 RTFYGLHQDFPSV-----VLVGLGKKAAGIDEQENWHEGKENIRAAVAAG     92
                     ..   ||. .|:|     :|:|.||:.. :||::.....::.|......|
AMPA_ECOLI        42 LL---LHH-VPNVLSERILLIGCGKERE-LDERQYKQVIQKTINTLNDTG     86

AMPL_HUMAN        93 CRQIQDLELSSVEVDPCGD---AQAAAEGAVLGLYEYDDLKQKK    133
                     ..:.... |:.:.|....:   .:.|.|.|...||.:|.||..|
AMPA_ECOLI        87 SMEAVCF-LTELHVKGRNNYWKVRQAVETAKETLYSFDQLKTNK    129

Глобальное выравнивание доменов Peptidase_M17 (программа needle)

Identity:     132/320 (41.2%)
AMPL_HUMAN         1 QNLARQLMETPANEMTPTRFAEIIEKNLKSASSKTEVHIRPKSWIEEQAM     50
                     ...|:.|...|.|.......|....:...|.|......:..:..::|..|
AMPA_ECOLI         1 IKAAKDLGNMPPNICNAAYLASQARQLADSYSKNVITRVIGEQQMKELGM     50

AMPL_HUMAN        51 GSFLSVAKGSDEPPVFLEIHYKGSPNANEPPLVFVGKGITFDSGGISIKA    100
                     .|:|:|.:||....:...|.|||:.:.:..|:|.||||:||||||||||.
AMPA_ECOLI        51 HSYLAVGQGSQNESLMSVIEYKGNASEDARPIVLVGKGLTFDSGGISIKP    100

AMPL_HUMAN       101 SANMDLMRADMGGAATICSAIVSAAKLNLPINIIGLAPLCENMPSGKANK    150
                     |..||.|:.||.|||.:...:...|:|.||||:||:...|||||.|:|.:
AMPA_ECOLI       101 SEGMDEMKYDMCGAAAVYGVMRMVAELQLPINVIGVLAGCENMPGGRAYR    150

AMPL_HUMAN       151 PGDVVRAKNGKTIQVDNTDAEGRLILADALCYAHTFNPKVILNAATLTGA    200
                     ||||:...:|:|::|.||||||||:|.|.|.|...|.|:.:::.||||||
AMPA_ECOLI       151 PGDVLTTMSGQTVEVLNTDAEGRLVLCDVLTYVERFEPEAVIDVATLTGA    200

AMPL_HUMAN       201 MDVALGSGATGVFTNSSWLWNKLFEASIETGDRVWRMPLFEHYTRQVVDC    250
                     ..:|||...||:..|.:.|.::|..||.::|||.||:||.:.|..| ::.
AMPA_ECOLI       201 CVIALGHHITGLMANHNPLAHELIAASEQSGDRAWRLPLGDEYQEQ-LES    249

AMPL_HUMAN       251 QLADVNNIGKYRSAGACTAAAFLKEFVTHPKWAHLDIAGVMTNKDEVPYL    300
                     ..||:.|||. |..||.||..||..|.....||||||||......:.   
AMPA_ECOLI       250 NFADMANIGG-RPGGAITAGCFLSRFTRKYNWAHLDIAGTAWRSGKA---    295

AMPL_HUMAN       301 RKGMTGRPTRTLIE------    314
                      ||.||||...|.:      
AMPA_ECOLI       296 -KGATGRPVALLAQFLLNRA    314