На страницу 4 семестра

Метаболические пути. KEGG.

Поиск ферментативной реакции

1. Субстрат D-Ribose 5-phosphate
2. Продукт D-Ribose
3. Уравнение реакции ATP + D-Ribose <=> ADP + D-Ribose 5-phosphate
4. Изображение реакции с помощью структурных формул:
5. Название фермента ATP:D-ribose 5-phosphotransferase
6. Код фермента
   EC 2.7.1.15
   EC 2.7.1 Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor
   EC 2.7 Transferring phosphorus-containing groups
   EC 2 Transferases
7. Название метаболического пути Pentose phosphate pathway
8. Из чего (в пределах данного метаболического пути) мог появиться заданный субстрат? Всего 5 вариантов, напр. D-ribose и D-ribulose 5-phosphate.
9. Продукт в пределах данного метаболического пути более ни во что не превращается.

Ферменты

• При поиске по заданному названию метаболического пути отображаются все метаболические пути с данным названием у разных организмов (всего 368).
• При добавлении к запросу слов "reference" и "map" отображается интегрированный путь метаболизма с данным названием для всех организмов.

Сравнение выбранных ферментов

EC-код	EC 3.5.1.9	EC 3.5.1.49
Название	arylformamidase (арилформамидаза); kynurenine formamidase; formylase; formylkynureninase; formylkynurenine formamidase; formamidase I; formamidase II	formamidase (формамидаза)
Расшифровка кода	3   гидроксилазы 3.5   Воздействуют на связи C-N, отличные от пептидных 3.5.1   В линейных амидах	3   гидроксилазы 3.5   Воздействуют на связи C-N, отличные от пептидных 3.5.1   В линейных амидах
Катализируемая реакция	Н-формил-L-кинуренин + H2O = формиат + L-кинуренин	формамид + H2O = формиат + NH3
Субстрат	Н-формил-L-кинуренин	формамид
Продукт	формиат	формиат
Комментарий	Также воздействует на другие ароматические формамилазы.	Также (но медленнее) воздействуют на ацетамид, пропанамид и бутанамид. Also acts, more slowly, on acetamide, propanamide and butanamide
Участие в метаболических путях	Tryptophan metabolism Glyoxylate and dicarboxylate metabolism	Tryptophan metabolism Glyoxylate and dicarboxylate metabolism Nitrogen metabolism
Литература	Hayaishi, O. and Stanier, R.Y. The bacterial oxidation of tryptophan. III. Enzymatic activities of cell-free extracts from bacteria employing the aromatic pathway. J. Bacteriol. 62 (1951) 691-709. Jakoby, W.B. Kynurenine formamidase from Neurospora. J. Biol. Chem. 207 (1954) 657-663. Mehler, A.H. and Knox, W.E. The conversion of tryptophan to kynurenine in liver. II. The enzymatic hydrolysis of formylkynurenine. J. Biol. Chem. 187 (1950) 431-438.	Clarke, P.H. The aliphatic amidases of Pseudomonas aeruginosa. Adv. Microb. Physiol. 4 (1970) 179-222. Friedich, C.G. and Mitrenga, G. Utilization of aliphatic amides and formation of two different amidases by Alcaligenes eutrophus. J. Gen. Microbiol. 125 (1981) 367-374.

Cравнение метаболических путей у разных организмов

1. Задание: Сравнение биосинтеза валина из пирувата (pyruvate), у человека и Arabidopsis thaliana.
2. Название пути: Valine, leucine and isoleucine biosynthesis
   Идентификаторы использованных карт: ath00290 и hsa00290
3. Изображение фрагмента карты(reference map), соответствующего заданию, приведено ниже:
4. В выделенном фрагменте 6 реакций, из них 2 обратимые. Пируват (pyruvate) образуется из изопропилмалата (isopropylmalate) путем каскада ферментативных реакций. Валин способен связываться с тРНК и затем входить в состав белков.

   

5. У человека присутствуют ферменты, катализирующие только первые 2 и последнюю реакцию биосинтеза Валина, поэтому биосинтез проходить не может.

   

   У Arabidopsis присутствуют все необходимые для биосинтеза Валина ферменты.

6. Как известно, Валин является незаменимой аминокислотой для человека, её потребление в составе пищи необходимо для нормальной жизнедеятельности. А вот для покрытосеменного растеньица Arabidopsis синтез Валина - вполне простая задача.