Скрипты

"COMPONENTS"
Выделяем цветами четыре цепи.Так как
единственные лигады этого белка - ионы
никеля, выбираем их с помощью команды 
select hetero

restrict none
select all
wireframe off
backbone  100
color chain
select hetero
cpk 400

"MYSTRUCTURE"
последовательно и с паузами воспроизводящий
изображение структуры в шариковой, остовной
и ленточных моделях

restrict none
select all
wireframe off
cpk 200
pause
cpk off
backbone 200
pause
backbone off
ribbons

"LABELS"
Вырезаем одну цепь из четырех, затем отыскиваем 
концевые аминокислотные остатки и выделяем их, 
зная их номер.Подписываем только с-альфа атомы, 
чтобы каждый остаток подписывался только один раз
своим трехбуквенным именем и номером. В результате 
выполнения скрипта с-концевой аланин синий
N-концевой метионин красный их карбоксильная и амино-группы
соответственно зеленые.

restrict none
select all
restrict *A
wireframe off
backbone 50
select *.CA and *A
cpk 100
select met1001
wireframe 20
cpk 150
COLOR RED
SELECT MET1001:A.N
CPK 200
COLOR  GREEN
select met1001 and *.CA
label %n%r
select ala1152
wireframe 50
cpk 150 
COLOR CYAN
SELECT ALA1152:A.O  or ALA1152:A.OXT
CPK 200
COLOR GREEN
select ala1152 and *.CA
label %n%r
set fontstroke 2
set fontsize 20

"SS.DEF"
  Скрипт определят альфа-спирали и бета-тяжи белка

define helix1 1030-1037:A
define helix2 1020-1031:A
define helix3 1103-1120:A
define helix4 1127-1144:A
define helix5 1047-1060:A
define helix6 1090-1100:A
echo helix1 to helix6  are alpha-helices (of the chain A)
define strand1 1067-1071:A
define strand2 1082-1089:A
define strand3 1038-1046:A
define strand4 1001-1011:A
echo strand1 to strand4 are beta-strands (of the chain A)

"LYGANDS"
Последовательно показывает все окружение лиганда и одну
из взаимодействующих с ним аминокислот.

restrict none
select all
restrict 5001 or within(5.5,5001) 
wireframe off
cpk 100                      
backbone 47
pause
restrict 5001 or 1124