Главная

Семейства доменов

Результаты упражнений

Упражнение 1

Используя ресурсы БД Pfam рассмотрим доменную организацию заданного белка.Будем рассматривать домены только из PfamA

Доменная организация белка ybeY_Ecoli

Cхематическое изображение доменной структуры

Домены, отмеченные на пространственной структуре белка (запись 1xm5 в PDB)

Как на схеме, так и на пространственной структуре, соответствующие домену участки последовательности зеленые. На пространственной структуре остальная часть белка серая. На пространственной структуре представлены все 4 цепи белка, каждая из которых содержит описываемый домен, и также можно видеть четыре лиганда - ионы металла (синие шарики).

Домены белка ybeY_ECOLI в БД Pfam

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности ybeY_Ecoli
UPF0054	UPF0054	Uncharacterized protein family UPF0054	8-145

Описание N-концевого домена белка ybeY_Ecoli

Краткая характеристика домена UPF0054
Пространственная структура - центральная альфа-спираль, окруженная бета-листом из четырех цепей и четыремя другими альфа-спиралями. Содержит консервативный участок с тремя гистидинами.

Организмы, в которых найдены белки с доменами UPF0054

Таксон		Количество белков с доменом UPF0054
Эукариоты	Растения	7
	Грибы	0
	Животные	16
Бактерии		557
Археи		0

сколько всего известно белков с доменами? - 580 последовательностей
что бывает чаще: домен UPF0054 - единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами? - найдено 567 последовательностей где этот домен один и 13 (4 разных варианта по 5, 3, 3 и 2 последовательности)
известны ли случаи дупликации домена? - обычно нет, число последовательностей с доменом равно числу доменов
известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них UPF0054? - в этом случае были бы два варианта архитектуры доменов, отличающиеся только положением нашего домена и еще одного, но этого нет.

Мотивы в аминокислотной последовательности ybeY_Ecoli по данным БД InterPro

Картинка с изображением всех подписей в Вашем белке

Все представленные варианты содержат по одному домену, и отличаются только опредеоением его границ.

Мотивы в белке ybeY_Ecoli по данным БД InterPro

Название подписи	Положение в последовательности ybeY_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
UPF0054	54-124	ProDom	INRA and CNRS - Национальный институт аграрных исследований	Франция, Париж
UPF0054	46-137	Pfam	Wellcome Trust Genome Campus	США, Кембридж
UPF0054	114-124	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
UPF0054	39-145	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	США, Рокквилль (Мэрилэнд), La Jolla (Калифорния)
G3DSA:3.40.390.30	8-153	Gene3D HMMs extended predictions of CATH protein structures	University College London	Англия, Лондон
SSF55486	7-146	SUPERFAMILY	The Medical Research Council	Англия, Лондон