Занятие №7
Классификация функций. Коды ферментов


Заданный код фермента EC 4.2.1.11

  1. Что значит заданный Вам код фермента

    2.     EC                      классификация фермента
    EC 4...                        класс: лиазы
    EC 4.2...                   подкласс: углерод-углерод лиазы
    EC 4.2.1...              подподкласс: декарбоксилазы (карбокси лиазы)
    EC 4.2.1.11...    собственно фермент: аспартат 1-декарбоксилаза

    Лиазы катализируют реакции не гидролитического разрыва различных химических связей.
    С-С лиазы катализаруют разрушение (или образование) связей между мелекулами углерода.
    Декарбоксилазы катализируют реакции отщепления CO2 от карбоксильной группы аминокислот или а-кетокислот.
    Аспартат 1-декарбоксилаза катализирует отщепление CO2 от карбоксильной группы аспартата (образование β-аланина).
    Катализируемая реакция: L-aspartate = βс-alanine + CO2

    Поскольку у аспартата две карбоксильные группы, есть еще и аспартат 4-дегидрогеназа, фермент, катализирующий отщепление CO2 от другой карбоксильной группы.

  2. Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

    3. Для исследования были выбраны следующие организмы: Escherichia coli K-12, архебактерия Haloquadratum walsbyi (strain DSM 16790) и человек. Однако у челоека нет фермента EC 4.1.1.11, а его функцию выполняет EC 4.1.1.15, который и был выбран для исследования.
        PAND_ECOLI (4.1.1.11, Escherichia coli (strain K12)) PAND_HALWD (4.1.1.11, Haloquadratum walsbyi (Archaea)) DCE1_HUMAN (4.1.1.15, Homo sapiens (Human))
      Идентификатор, название домена Pfam Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности
    Домен 1 Asp_decarbox PF02261 (Aspartate decarboxylase ) 1-116 1-112 -----
    Домен 2 Pyridoxal_deC PF00282 (Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain ) ------ ------ 144-518