Занятие 8. Метаболические пути. KEGG.


Необходимо определить, существует ли участок метаболического пути, необходимый для превращения D-лактата в ацетил кофермент А.

  1. Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

    2. Субстрат

    Название Д-лактат (D-Lactate)
    Идентификатор C00256
    Структурная формула

    Продукт

    Название Ацетил коэнзим А (Acetyl-CoA;Acetyl coenzyme A)
    Идентификатор C00024
    Структурная формула

  2. Поиск метаболического пути.


  3. Описание последовательности реакций.

    4. Таблица 1. Возможных путь превращения D лактата в ацетил коэнзим А по данным карты метаболизма пирувата.
    Этап Ферментативная реакция EC number R number
     1 (R)-Lactate + 2 Ferricytochrome c <=> Pyruvate + 2 Ferrocytochrome c + 2 H+ EC 1.1.2.4 R00197
      2 Pyruvate + Thiamin diphosphate <=> 2-(alpha-Hydroxyethyl)thiamine diphosphate + CO2 EC 1.2.4.1 R00014
     3 2-(alpha-Hydroxyethyl)thiamine diphosphate + Enzyme N6-(lipoyl)lysine <=> [Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase] S-acetyldihydrolipoyllysine + Thiamin diphosphate  EC 1.2.4.1  R03270
     4 Acetyl-CoA + Enzyme N6-(dihydrolipoyl)lysine <=> CoA + [Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase] S-acetyldihydrolipoyllysine  EC 2.3.1.12  R02569

    Примечание: первая стадия последовательности реакций может осуществляться одним из двух ферментов 1.1.2.4 и 1.1.2.5. Но в KO описан только первый из них, он и приведен в таблице.

  4. Исследование метаболического пути в других организмах

    5. Таблица 2. Возможность пути превращения (русское название) в (русское название) в различных организмах с известными полными геномами.
    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli нет Нет фермента для первой стадии
    Haemophilus influenzae Rd KW20 нет Нет фермента для первой стадии
    Methanococcus janaschii нет Нет ни одного из необходимых ферментов
    Arabidopsis thaliana да Есть все необходимые ферменты
    Homo sapiens да Есть все необходимые ферменты