Вернуться на главную |
Страница проектов |
Заметки |
1. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка) |
|||
| Accession | P19079.1 | 1JTK_A | NP_390408.1 |
| E-value | 3e-97 | 2e-98 | 2e-95 |
| Вес (в битах) | 282 | 282 | 282 |
| Процент идентичности | 100% | 100% | 100% |
2. Число находок с E-value < 10–10 |
13 | 13 | 3205 |
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) |
|||
| Номер находки в списке описаний | 86 | 22 | 4415 |
| Accession | Q6D3B4.1 | 2RKX_A | NP_629808.1 |
| E-value | 5e-04 | 0.99 | 0.98 |
| Вес (в битах) | 82 | 29.3 | 36.6 |
| % идентичности | 30% | 61% | 26% |
| % сходства | 94% | 77% | 46% |
| Длина выравнивания | 202 | 17 | 92 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Запрос:22-130 Находка:69-170 | Запрос:28-45 Находка:8-25 | Запрос:34-129 Находка:39-131 |
| Число гэпов | 13 | 0 | 5 |
Количество находок различно, так как банк PDB включает в себя меньше всего находок(потому что в нем только изученные структуры белков), а nr самое большое число находок(так как в нем находятся еще и предсказанные белки).
2. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам(Eukaryota)
| Поиск по Swiss-Prot | |
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | P32320.2 |
| E-value | 8e-37 |
| Вес (в битах) | 127 |
| % идентичности | 51% |
| % сходства | 69% |
| Длина выравнивания | 127 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Запрос:4-131 Находка:16-143 |
| Число гэпов | 2 |
3. BLAST двух последовательностей
© Прозоров Данила