Эволюционные домены

1. Доменная структура белка CDD_BACSU по данным Pfam

Таблица 1. Доменная структура белка CDD_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка CDD_BACSU	Клан
1.	PF00383	dCMP_cyt_deam_1	Семейство доменов названо по наличию определенного цитидин и деоксицитидилат дезаминирующего цинк-связывющего участка.	1-105	Клан CDA (CL0109) содержит 16 семейств: A_deamin, AICARFT_IMPCHas, APOBEC_C, APOBEC_N, Bd3614-deam, dCMP_cyt_deam_1, dCMP_cyt_deam_2, DYW_deaminase, LmjF365940-deam, MafB19-deam, OTT_1508_deam, Pput2613-deam, SCP1201-deam, Toxin-deaminase, XOO_2897-deam, YwqJ-deaminase.

2. Данные о домене dCMP_cyt_deam_1

Таблица 2. Данные о домене dCMP_cyt_deam_1

Во сколько разных архитектур входит домен?	Этот домен входит в 96 архитектур
Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?	Последоваетльность известна для 17292 белков, среди которых число содержащих только этот домен 12544.
Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка)?	Пространственная структура определена для 30 уникальных белков.
Выравнивание "seed" фрагментов белков, для домена dCMP_cyt_deam_1	доступно для скачивания в формате MSF.

3. Описание встречаемости в различных таксонах доменной архитектуры вида , состоящей из доменов dCMP_cyt_deam_1 (PF00383) и dCMP_cyt_deam_2 (PF08211)

Таблица 3. Представленность домена dCMP_cyt_deam_1 (PF00383) в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом dCMP_cyt_deam_1 (PF00383).
Эукариоты	Зеленые растения	37
	Грибы	155
	Животные	114
	Остальные эукариоты	52
Археи		114
Бактерии		4467
Вирусы		140

Таблица 4. Представленность домена dCMP_cyt_deam_2 (PF08211) в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом dCMP_cyt_deam_2 (PF08211).
Эукариоты	Зеленые растения	24
	Грибы	3
	Животные	2
	Остальные эукариоты	7
Археи		1
Бактерии		810
Вирусы		0

Вывод:Не смотря на функциональную схожесть доменов, явно наблюдается различие в их распределении по таксонам.
Так, домен dCMP_cyt_deam_2 (PF08211) гораздо менее представлен среди бактерий, в отличие от домена dCMP_cyt_deam_1 (PF00383) для которого, фактически, бактерии являются основной группой.
Однако можно считать, что это может быть вызвано возможной недостаточностью данных для домена dCMP_cyt_deam_2 (PF08211) (или пререпредставленностью данных для домена dCMP_cyt_deam_1 (PF00383)).

4. Сравнение описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.

Иллюстрация 1. Схема разметки всех мотивов на основании данных InterPro

Как называется самый короткий мотив? В каком банке он описан?	PS00903 (CYT_DCMP_DEAMINASES) Описан в банке PROSITE
Как называется самый длинный мотив? В каком банке он описан?	SSF53927 (Cytidine_deaminase-like) Описан в базе SUPERFAMILY
Какие структурные подписи интегрированы в InterPro?	PF00383 (dCMP_cyt_deam_1)
Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam? Если да, то как?	Отличаются незначительно, буквально на 1-2 аминокислоты с краю. Это обусловленно вариабельностью и не точностью определения домена.