Вернуться на главную |
Страница проектов |
Заметки |
1.С помощью алгоритма BLAST были получены гомологи белка CDD_BACSU. Выборка проводилась по всем таксонам живых организмов, за исключением филума Firmicutes, к которому относится Bacillus subtilis. Параметры поиска приведены в Таблице 1.
Поиск |
Алгоритм BLAST |
Название базы данных |
Ограничения по таксонам |
Порог e-value |
Максимальное количество хитов |
По прокариотам |
Protein blast(blastp) |
Refseq |
Prokaryota;исключаем Firmicutes |
1e-25 |
5000 |
По эукариотам |
Protein blast(blastp) |
Refseq |
Eukaryota |
1e-25 |
5000 |
2.Были отобраны белки для сравнения с CDD_bacsu из разных таксономических групп.
Таблица встречаемости белков в разных таксонах находится ссылкой ниже:
На рисунках 1 и 2 изображаны таксономические деревья, показывающие родство белка CDD_BACSU c Prokatyota и Eukaryota:
Рисунок 1. Таксономическое дерево гомологов белка среди Eukaryota
Рисунок 2. Таксономическое дерево гомологов белка среди Eukaryota
Я отобрал гомологов белка и поместил их последовательности в файл FASTA-формата, куда, собственно вставил и последовательность белка CDD_BACSU.
Далее я сделал множественное выравнивание программой Muscle в Jalview.
FASTA-файл с выравниванием можно скачать здесь- viravnivaniye.fa
Сессия JMol- practicum8.jar
© Прозоров Данила