Вернуться на главную |
Страница проектов |
Заметки |
Каждое консольное приложение имеет дело с тремя потоками: stdin, stdout, stderr.
stdin - стандратный поток ввода - содержит информацию, которую мы набираем на клавиатуре во время работы программы. Этот поток имеет номер 0.
stdout - стандратный поток вывода - зарезервирован для вывода данных. Это поток номер 1.
stderr - стандратный поток ошибок - зарезервирован для вывода диагностических и отладочных сообщений в текстовом виде. Это поток номер 2.
В консольном окне по умолчанию отображается сожержание потоков stdout и stderr.
Поток stdout можно перенаправить с помощью символа > в определенное пользователем место, например в файл. Если требуется произвести запись в конец файла, то следует использовать символ >>.
Для вывода потока stderr используется символ 2>.
Спецсимволы
Некоторые символы воспринимаются интерпретатором командной строки bash как указания произвести некоторые операции.
Пробел и символ табуляции отделяют друг от друга параметры.
Среди кавычек следует различать одинарные, двойные и обратные.
' - все символы в одинарных кавычках воспринимаются буквально; выражение объединяется, но не интерпретируется.
" - выражение в двойных кавычках объединяется и интерпретируется; символы $ и ` имеют специальное значение (вызов содержания переменной и подстановка вывода другой команды); сочетание \ с любым символом превращается в этот символ.
Для поиска файлов часто приходится работать со своеобразным шаблоном - маской файла. Так, * заменяет собой любые символы или их отсутствие. ? заменяет какой-либо один символ. С помощью [ ] можно задавать диапазон цифр или букв, например, запись [0-9] обозначает одну цифру.
Есть команда wc, которая по умолчанию подсчитывает число строк, слов и байтов в указанном файле (FILE). Если указано более одного значения для файла, то результатом подсчёта является общее количество строк. Если файл не указан или указано значение -, то команда считывает стандартный ввод. Словом команда считает последовательность ненулевой длины, состоящую из символов, отделённых пробелами от других слов.
Для нахождения файла следует использовать команду find
Некоторые команды
| pwd | сообщает полное имя текущей директории |
| ls | показывает содержимое текущей директории |
| cp <имя файла 1> <имя файла 2> | копирует файл 1 в файл 2 |
| mv <имя файла 1> <имя файла 2> | переименовывает файл |
| mv <имя файла> <имя поддиректории> | перемещает файл в поддиректорию |
| rm <имя файла> | уничтожает файл |
| mkdir <имя поддиректории> | создает поддиректорию |
| rmdir <имя поддиректории> | удаляет пустую поддиректорию |
| cd <имя поддиректории> | переход в поддиректорию |
| cd .. | выход из поддиректории (переход в родительскую директорию) |
| more <имя файла> | просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter") |
| man <команда> | выдает подробную информацию о команде |
Часто используемые символы
| * | заменяет собой 1, несколько или ни одного символа |
| ? | заменяет ровно один символ |
| [1-7] | заменяет 1 символ из заданного интервала (в данном примере от 1 до 7) |
| "" | содержимое объединяется и интерпретируется |
| '' | содержимое объединяется, но не интерпретируется |
| `` | команда в кавычках выполняется |
| табуляция или пробел | разделяют параметры |
.Нам нужно было с помощью команды infoseq получить краткую информацию о своем белке из записи банка Swissprot.
Нужно задавать параметры, так, чтобы результат содержал только:
(1) имя белка; (2) код доступа – AC, accession number; (3) описание – description; (4) число аминокислотных остатков - length
Файл получен- no.infoseq
Затем, спользуя "*" в имени последовательности нужно было найти такие же белки в других видах рода Bacillus.
Файл получен- many.infoseq
© Прозоров Данила