"Паттерны и банк Prosite"

1. Содержит ли Swissprot послание инопланетян?

Проветем предсказание встречаемости слова fever в базе данных Swissprot.
Всего база содержит 191670831 аминокислот во всех последовательностях.
Встречаемость букв в базе Swissprot такова:
F: 3,86%
E: 6,75%
V: 6,87%
R: 5,53%

Таким образом теоретически слово fever должно встретиться 191670831*3,86*6,75*6,75*6,87*5,53*10^(-10)=128,06.

Слово fever может встречаетя в базе данных 128 раз.

Проверка встречаемости слова fever через PROSITE показала, что реально в базе встречается 101 раз.

Полученные данные говорят, что к базе белков применимы модели для случайных выборок (т.к. формула для теор.рассчета сделана исходя из этого.)

2. Поиск вероятных гомологов белка cdd_bacsu в банке SwissProt с помощью паттернов

Участок выравнивания, по которому я строил паттерн:

Для поиска гомологов были составленны паттерны представленные в Таблице 1.

Таблица 1. Составленные паттерны на основе множественного выравнивания.

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из множественного выравнивания найдены?	e-value паттерна
Сильный	G-[ACSTV]-N-x-E-[NS]-x-[AST]-x-[GPST]-x-[ACGST]-x-C-[AG]-E-[DQR]-x-[AT]	9	не все, это обусловлено разными базами данных, по которым велся поиск	1.155866e-05
Слабый	G-[ACSTV]-N-x-E-[NS]-x-[AST]	163	почти все, это обусловленно раличием баз, по которым велся поиск	56

3. Поиск всех мотивов PROSITE в последовательности белка CDD_BACSU

Поиск проведен через веб интерфейс, результат представлен в Таблице 2.

Таблица 2. Результаты поиска мотивов PROSITE в последовательности белка CDD_BACSU

Идентификатор документа Prosite (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи	Паттерн (если это паттерн)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00903	CYT_DCMP_DEAMINASES	сайт связывания цинка	паттерн	[CH]-[AGV]-E-x(2)-[LIVMFGAT]-[LIVM]-x(17,33)-P-C-x(2,8)-C-x(3)-[LIVM]	да	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	паттерн	G-{EDRKHPFYW}- x(2)- [STAGCN]-{P}	нет	1
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеинкиназой II	паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	нет	3
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозина	паттерн	[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y	нет	1