Psi-Blast

1.Составление семейства гомологов белка при помощи PSI-BLAST

Для работы выбран белок с AC:Q04719.
После этого проведен поиск PSI-BLAST по базе refseq при стандартных настройках,с отбором по уровню покрытия и e-value.
Протокол поиска в Таблице 1.

Таблица 1. Протокол поиска PSI-BLAST для белка Q04719.

Номер итерации Число находок выше порога (1e-7) приемлемых для следующей интерации Идентификатор худшей находки выше порога взятой для следующей интерации E-value этой находки Идентификатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки

1 39 NP_818673.1 7e-07 NP_258295.1 5e-06

2 47 NP_872573.1 8e-13 WP_005006206.1 0.052

3 47 YP_006908640.1 3e-50 WP_009169989.1 0.44

4 47 YP_006908640.1 6e-50 WP_009169989.1 0.068

5 47 YP_006908640.1 5e-55 WP_009169989.1 0.032

Поиск при помощи PSI-BLAST'а стабилизировался после 5-х интераций c 47 найденными белками.После этого было произведено выравнивание найденных белков в программе JalView при помощи алгоритма T-coffe.
Иллюстрация 1. Множественное выравнивание белков, возможно сходных с белком Q04719. Схема раскраски Clustalx, по 30% сходству.
Как видно из Иллюстрации 1, данные белки явно имеют участки сильного сходства, что свидетельствует о сходстве этих белков.

© Прозоров Данила