Назад
3. Пример дисульфидного мостика
В моем белке дифульфидные S-S мостики отсутствуют. Это было проверено командой ssbond.
Зато в молекуле инсулина их 6. Ниже представлен один из них (между двумя остатками цистеина Cys).
Изображения можно получить скриптом.
Командой restrict within (5.0, *A.P) было получено изображение всех атомов вокруг фосфат-иона цепи A:
Bсе изображения контактов в белке можно получить с помощью скрипта,
а для инсулина другим скриптом.
1. Пример гидрофобного контакта
Командой restrict within (5.0, Phe257:B) получено изображение фениаланина и всех атомов, расположенных от него на расстоянии не более 5 А:
Собственно взаимодействующие гидрофобные группы представлены на картинке ниже (их атомы - шарики большего размера).
2. Примеры водородных связей между боковыми группами
| а) И донором, и акцептором водорода является кислород |
b) И донором, и акцептором водорода является азот |
 |
 |
3. Пример дисульфидного мостика
В моем белке дифульфидные S-S мостики отсутствуют. Это было проверено командой ssbond.
Зато в молекуле инсулина их 6. Ниже представлен один из них (между двумя остатками цистеина Cys).
Описание контактов белка с лигандом
Изображения можно получить скриптом.
Командой restrict within (5.0, *A.P) было получено изображение всех атомов вокруг фосфат-иона цепи A:
| Имя атома контакта | Имя контактирующего атома белка | Расстояние в A | Предположительная природа контакта |
| PO4300A.O4 | ARG181A.NH2 | 3.50 | Водородная связь |
| PO4300A.O4 | SER182A.OG | 3.94 | Водородная связь |
| PO4301A.O1 | ARG142A.NE | 2.84 | Водородная связь |
| PO4301A.O4 | ARG141A.NH1 | 2.71 | Водородная связь |