Занятие 3. Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Поиск гомологов SYH_ECOLI		Геном бактерии Xanthomonas campestris
Число находок с Е-value<0,001		1
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	3e-23
	AC соответствующей записи EMBL	AE012283, AE008922, AE012283
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	1807 - 3171
	Координаты CDS в записи EMBL (если они есть)	1783..3216
	AC UniProt в записи EMBL (если есть)	-
	E-value находки в поиске по 3-м геномам	7e-23
	Число находок с Е-value<0,001 в поиске по 3-м геномам	3

Лучшая находка в поиске по одному геному - ген hisS, кодирует гистидил-тРНК синтетазу (SYH_XANCP). Белок является гомологом SYH_ECOLI и выполняет, как видно из названия, ту же функцию.

В поиске по трем геномам e-value этой находки увеличился в 2,5 раза, что примерно соответствует увеличению базы данных в 3 раза.

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

Среди 24 гомологов гена, кодирующего белок SYH_ECOLI, найденных в трех данных геномах (организмов Salmonella typhimurium, Xanthomonas campestris, Pasteurella multocida), лучшая находка: AE008814 AE006468 |AE008814| Salmonella typhimurium LT2. Для Xanthomonas campestris лучшей находкой является белок AE012283 AE008922 |AE012283| Xanthomonas campestris. Выравнивание. Как видно, это тот же белок, что рассматривался выше (в 1м задании), причем с тем же e-value. То есть, двумя путями мы в качестве гомолога нашли один и тот же белок. Вывод: оба пути дают вполне достоверные результаты.

На главную