Занятие 5 (зачетное). Что кодирует фрагмент нуклеотидной последовательности? Вариант 2.

1. Полный протеом кишечной палочки E. coli 3mg1_ecoli.fasta был получен из банка Swiss Prot с помощью команды EMBOSS

   seqret sw:*_ecoli

2. Из заданной нуклеотидной последовательности бактерии Yersinia intermedia был вырезан фрагмент с 140001 по 154000 нуклеотиды с помощью команды seqret. В данном фрагменте были найдены открытые рамки считывания с помощью команды

   getorf -minsize 240 -table 11 -find 1

   При этом использовался стандартный для бактерий (bacterial) генетический код, открытой рамкой считается последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном.

3. Были созданы индексные файлы для протеома кишечной палочки с учетом того, что исследуемый образец, для которого мы ищем сходные последовательности в протеоме, является нуклеотидной последовательностью.

4. Создана книга , в которой содержится информация о рамках считывания и число сходных последовательностей, найденных у E. coli при условии E-value<0,001.
5. Был создан

   скрипт, с помощью которого выполнялся поиск количества сходных последовательностей.

6. Гипотетические гены во фрагменте 147001-154000

   5'---------[=>ген rcsB, 2608-3222]-[=>ген ybgD, 3524-4090]-[=>ген prsH, 4116-4712]-[=>ген yfcU, 4767-6998]---3'

   3'------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'

   Нумерация нуклеотидов в координатах каждого гена идет начиная с первого нуклеотида каждого фрагмента как с номера один.

   Сходные последовательности были найдены только в данных четырех открытых рамках из десяти.

7. Сравнение взаимного расположения предсказанных генов в исследуемом фрагменте и сходных аннотированных генах E. coli.

   Сходные гены у E. coli.:

   5'-[=>ген prsH, 557-1144]---------------------------[=>ген rcsB, 2319511-2320161]--------------------------------3'

   3'-----------------------[<=ген ybgD, 752651-753217]------------------------------[<=ген yfcU, 2458711-2460447]--5'

   Из гипотетических генов исследуемого объекта не было найдено ни одного, который оказался бы на комплементарной цепи, в то время как в геноме E. coli два гена оказались на прямой цепи, и два - на комплементарной. К тому же, порядок расположения генов на цепях ровно противоположный: у объекта от 5' к 3' концу идет сначала ген rcsB, потом ген prsH - у E. coli наоборот. Соответственно то же с генами ybgD и yfcU, только у E. coli они находятся еще и на комплементарной цепи. Также можно сказать, что в обоих геномах гены не перекрываются, причем гены на комплементарной цепи по расположению также удалены от генов на прямой.

   Из данных результатов можно сделать вывод, что гомологи у исследуемого объекта и образца найдены.

   На главную

   ---

   © Даниленко Светлана