| Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка SYH_ECOLI | N | |
| Соответствующий кодон в гене hisS | 5'-AAC-3' | |
| Идеальный антикодон | 5'-GUU-3' | |
| Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка N (если опираться на генетический код)? |
2 | |
| Сколько тРНК для остатка N аннотировано в геноме кишечной палочки? | 4 | |
| Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: | ||
| название гена | asnT | |
| координаты гена в записи EMBL | 2042573..2042648--> | |
| антикодон | 5'-GUU-3' | |
Хотя аспарагин может кодироваться всего двумя кодонами, в геноме кишечной палочки аннотировано четыре тРНК. В живых организмах избыточность - частый случай, и это еще один пример.
Команда для поиска антикодона:
grep "anticodon.*Asn" ecoli.embl >search
Результаты поиска:
FT /anticodon=(pos:2042606..2042608,aa:Asn) FT /anticodon=(pos:2056091..2056093,aa:Asn) FT /anticodon=(pos:2057908..2057910,aa:Asn) FT /anticodon=(pos:2060317..2060319,aa:Asn)
| Программа | FastA | BLASTN | MegaBLAST | Discontigous MegaBLAST |
|
| Число находок с Е-value < 0,001 | 3 | 0 | 0 | 0 | |
| Характеристика лучшей находки: | |||||
| E-value находки | 1.7e-07 | - | - | - | |
| Номер сектора генома | 116 из 173 | - | - | - | |
| AC соответствующей записи EMBL | AE010241 | - | - | - | |
| координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL | 2275-2349--> | - | - | - | |
| Аннотация лучшей находки по EMBL | аспарагиновая тРНК | - | - | - | |
Использованные команды:
fasta35 trna.fasta pf_genome.fasta 6
formatdb -i pf_genome.fasta -n pf -p F
blastall -p blastn -d pf -i trna.fasta -o blastn -e 0.001
megablast -d pf -i trna.fasta -o megabl -e 0.001
megablast -d pf -i trna.fasta -o Dmegabl -e 0.001 -W 11 -t 21 -N 2
Сходные гены с e-value меньше 0.001 были найдены только программой fastA. Из всех программ она задает наименьшую длину слова - 6 н.о. Такой параметр определяет наибольшую чувствительность программы fastA.