Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
High-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB | ZNUB_ECOLI | ZNUB_BACSU | 316.5 | 29.8% | 49.6% | 23 | 6 |
Copper-exporting P-type ATPase | COPA_ECOLI | COPA_BACSU | 1488.0 | 39.9% | 57.9% | 94 | 18 |
50S ribosomal subunit assembly factor BipA | BIPA_ECOLI | BIPA_BACSU | 1746.0 | 53.9% | 74.0% | 5 | 2 |
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
High-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB | ZNUB_ECOLI | ZBUN_BACSU | 319.0 | 30.4% | 51.5% | 13 | 3 | 99.2% | 95.7% |
Copper-exporting P-type ATPase | COPA_ECOLI | COPA_BACSU | 1488.5 | 40.1% | 58.1% | 89 | 16 | 99.2% | 99.3% |
50S ribosomal subunit assembly factor BipA | BIPA_ECOLI | BIPA_BACSU | 1751.0 | 54.9% | 75.2% | 0 | 0 | 99.0% | 98.2% |
Protein Name 1/ Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
Molybdate-binding protein ModA/ Levansucrase and sucrase synthesis operon antiterminator | MODA_ECOLI | SACY_BACSU | 30.5 | 15.8% | 28.9% | 107 | 15 |
Protein Name 1/ Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
Molybdate-binding protein ModA/ Levansucrase and sucrase synthesis operon antiterminator | MODA_ECOLI | SACY_BACSU | 51.5 | 19.6% | 33.7% | 59 | 7 | 49.8% | 49.6% |
- BIPA_SALTY (принадлежит Salmonella typhimurium),
- BIPA_HELPY (принадлежит Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695)),
- BIPA_HELPJ (принадлежит Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824)),
- BIPA_BUCAI (принадлежит Buchnera aphidicola subsp. Acyrthosiphon pisum),
- BIPA_HAEIN (принадлежит Haemophilus influenzae ), а также ранее рассматриваемые.
Мнемоника отвечает за белок с полным названием 50S ribosomal subunit assembly factor BipA (у E.coli), который участвует в сборке субъединицы 50S рибосомы при низких температурах [1].
Ссылка на проектВыравнивание проводилось в программе Jalview с применением Muscle после того, как нужные последовательности были отобраны с помощью Fetch sequences.
Так, мы можем наблюдать некоторое количество консервативных участков. Например, в колонках 16-26, 49-55, 80-93. Но есть и достаточно сильно различающиеся места, например 342-359. Интересно, что больше консервативных участков находится ближе к началу выравнивания. В целом, выравнивание вполне успешно, и можно сказать, что рассматриваемые белки гомологичный друг другу.
1. Choi E, Hwang J. The GTPase BipA expressed at low temperature in Escherichia coli assists ribosome assembly and has chaperone-like activity. J Biol Chem. 2018 Nov 23;293(47):18404-18419. doi: 10.1074/jbc.RA118.002295. Epub 2018 Oct 10. PMID: 30305394; PMCID: PMC6254333.