После долгих поисков на сайте Pfam мне приглянулся домен Oxidoreduct_C (PF16490), предположительно являющийся С-концевым доменом бактериальной оксидоредуктазы. Информация с Pfam доступна в Таблице 1.

Таблица 1. Основная информация о выбранном домене.

ID	Название	seed	full	Uniprot	Average length	Average identity	Average coverage	Длина профиля HMM
PF16490	Oxidoreduct_C	16	178	759	275 aa	48%	59.75 %	279

Далее была выбрана двухдоменная архитектура, включающая в себя GFO_IDH_MocA (NAD-binding Rossmann fold) и выбранный мною домен Oxidoreduct_C (Рисунок 1). Первый домен присутствует частично, так как края прямоугольника зубчатые. Такой архитектурой обладают 95 белков из 178.

Далее с сайта Pfam мною были скачаны последовательности всех белков, включающих выбранный домен. Оказалось, что две последовательности продублированы, поэтому всего белков оказалось не 178, а 176. Файл доступен по ссылке. Затем я получила идентификаторы белков, имеющих вышеупомянутую архитектуру, и из файла со всеми последовательностями извлекла последовательности этих белков. В программе Jalview было выполнено выравнивание с помощью muscle (выравнивание без ревизии), удалены концы, не содержащие доменов, а также был поставлен порог Redundancy 85. В конечном итоге для построения профиля было отобрано 79 белков из 95. Их выравнивание доступно по ссылке.

На сервере были запущены следующие команды:

hmm2build hmm edited_seqs.fasta

hmm2calibrate hmm

hmm2search --cpu=1 hmm full.fasta > result.txt
        

На выходе получились файлы: HMM профиль после калибровки, результаты hmm2search. На их основе я сделала требуемую таблицу. Все вышеупомянутые манипуляции были осуществлены с помощью питона.