У млекопитающих участвует в регуляции активности нейропептидов; функция в клетках бактерий и архей изучена чуть хуже, но предположительно она заключается в снижении активности некоторых пептидов или в усвоении питательных веществ [2].
Основная информация о белке | |||
Раздел UniProtKB | Swiss-Prot | ||
UniProt ID | PCP_THELN | ||
UniProt AC | O07883 | ||
EMBL AC | Y13966, CP006670 | ||
PDB ID | 1A2Z | ||
Длина | 220 AA | ||
Молекулярная масса | 24747 Da | ||
Рекомендуемое UniProt название | Pyrrolidone-carboxylate peptidase | ||
Известна ли структура целиком | Да |
Поисковые запросы в UniProt | ||
Запрос | Swiss-Prot | TrEMBL |
Поиск по таксонам | ||
name:"pyrrolidone-carboxylate peptidase" taxonomy:"Bacteria [2]" | 133 | 7834 |
name:"pyrrolidone-carboxylate peptidase" taxonomy:"Eukaryota [2759]" | 3 | 110 |
name:"pyrrolidone-carboxylate peptidase" taxonomy:"Archaea [2157]" | 13 | 89 |
Поиск по кодирующему гену (pcp) и таксонам | ||
name:"pyrrolidone-carboxylate peptidase" gene:pcp taxonomy:"Eukaryota [2759]" | 0 | 9 |
name:"pyrrolidone-carboxylate peptidase" taxonomy:"Bacteria [2]" gene:pcp | 133 | 5381 |
name:"pyrrolidone-carboxylate peptidase" taxonomy:"Archaea [2157]" gene:pcp | 13 | 73 |
UniRef90_O73944
Кластер полностью повторяет предыдущий и не несёт новой информации.UniRef50_O73944
Данный кластер содержит 24 белка, 4 из которых аннотированы. Representative последовательностью является последовательность белка, выделенного из Pyrococcus furiosus, археи из всё того же семейства Thermococcaceae. Последовательность из Thermococcus litoralis по-прежнему остаётся seed.Судя по количеству белков в каждом из кластеров, можно заключить, что последовательность рассматриваемого нами фермента мало распространена. Даже в кластере UniRef50 всего 4 аннотированных записи, хотя как было показано ранее, в UniProt содержатся 13 аннотированных записей об аналогичных ферментах у архей. Это значит, что последовательность этого белка у семейства Thermococcaceae сильно отличается от его последовательностей у остальных архей и тем более от других доменов.
Для сравнительной характеристики была выбрана архея-психрофил Methanococcoides burtonii, являющаяся модельным организмом. Было бы интересно отметить различия и сходства в количестве различных типов белков у таких диаметрально различных по местообитанию организмов.
Сравнение организмов | ||
Организм | Thermococcus litoralis | Methanococcoides burtonii |
Proteome ID | UP000015502 | UP000001979 |
Всего белков | 2506 | 2242 |
Taxonomy | 523849 - Thermococcus litoralis (strain ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C) | 259564 - Methanococcoides burtonii (strain DSM 6242 / NBRC 107633 / OCM 468 / ACE-M) |
Число записей в Swiss-Prot | 18 (0,7%) | 253 (11,3%) |
Число трансмембранных белков | 519 (20,7%) | 462 (20,6%) |
Число ферментов | 364 (14,5%) | 585 (26,1%) |
Число ДНК-связывающих белков | 127 (5%) | 131 (5,8%) |
1. R.F. Doolittle, Pyrrolidonecarboxylyl peptidase, Methods in Enzymology, Academic Press, Volume 19, 1970, Pages 555-569, ISSN 0076-6879, ISBN 9780121818814, https://doi.org/10.1016/0076-6879(70)19043-4.
2. Singleton M, Isupov M, Littlechild J. X-ray structure of pyrrolidone carboxyl peptidase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus litoralis. Structure. 1999 Mar 15;7(3):237-44. doi: 10.1016/s0969-2126(99)80034-3. PMID: 10368293.
3. Kostyukova, A., Gongadze, G., Polosina, Y. et al. Investigation of structure and antigenic capacities of Thermococcales cell envelopes and reclassification of "Caldococcus litoralis" Z-1301 as Thermococcus litoralis Z-1301. Extremophiles 3, 239–246 (1999). https://doi.org/10.1007/s007920050122
4. Bertoldo C., Antranikian G. (2006) The Order Thermococcales. In: Dworkin M., Falkow S., Rosenberg E., Schleifer KH., Stackebrandt E. (eds) The Prokaryotes. Springer, New York, NY. https://doi.org/10.1007/0-387-30743-5_5