| Таблица 1 | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| AC pfam | PF02486 | |
| ID pfam | Rep_trans | |
| Name | Replication initiation factor | |
| #SEED | 25 (full=638) | Число последовательностей в выравнивании SEED. Мы работали с ними в прошлом практикуме. |
| #All | 4000 | Число всех белков с доменом семейства. |
| #SW | 7 | Число белков с доменом Swissprot. |
| #architectures | 14 | Число разных доменных архитектур. Самая распространённая состоит из одного домена PF02486. Примечательно, что все остальные тоже включают его в свой состав, но другой длины. Т.е. какие-то участки вырезаются или же просто это результат мутаций. |
| #3D | 3 | Число доменов с известной 3D структурой. |
| Taxonomy | Число всех белков с доменом семейства по супер-царствам. | |
| #eukaryota | 9 | |
| #archaea | 0 | |
| #bacteria | 4259 |
Это семейство белков представленно предполагаемыми топоизомеразами, которые делают одноцепочечный разрез в плазмидной ДНК. Это объясняет, почему белок так распространён среди бактерий, а среди эукариот нет.
Построение карты локального сходства
Нам надо выбрать белки одного домена, но с разной доменной архетиктурой:
| Таблица 2 | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF18106 - PF02486 | Всего 1114 белков с данной архитектурой |
| Белок с архитектурой 1 | A0A074ITF3_STRSL | Replication initiation factor domain-containing protein Streptococcus salivarius |
| Доменная архитектура 2 | PF22477 - PF02486 | Всего 158 белков с данной архитектурой |
| Белок с архитектурой 2 | A0A0U2JD55_STAAU | Replication initiation protein Staphylococcus aureus |
Построили карту локального сходства (по горизонтали белок 1, по вертикали белок 2)
В обоих доменных структурах есть общая часть PF02486. В первом случае она более длинная. По карте можно увидеть, что это результат делеции во второй последовательности или же вставки в первой. Первые части обоих белков не выровнялись друг на друга. Они имеют разные последовательности.