Референсный протеом
Идентификатор сборки RefSeq: GCF_003812345.1
Идентификатор сборки INSDC: GCA_003812345.1 (genome_assembly:GCA_003812345.1) избыточен для UP000885148
При поиске референсного протеома по запросу (taxonomy_id:546) AND (proteome_type:1) 0 результатов. Попробуем поискать среди представителей рода: (taxonomy_id:544) AND (proteome_type:1). Среди 5 результатов выбираем UP000001889, т.к. вид Citrobacter rodentium наиболее близок к нашему.
Скачаем протеом:
wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000001889)' -O term2/pr8/UP000001889.swiss.gz
Ферменты в протеоме
В протеоме 4792 белка (proteome:UP000001889). Отберём ферменты с помощью запроса (proteome:UP000001889) AND ((ec:*) OR (cc_catalytic_activity:*)). Получим 1332 варианта. Если же рассматривать отдельно по (proteome:UP000001889) AND (ec:*) и по (proteome:UP000001889) AND (cc_catalytic_activity:*), то получим 1290 и 1035 соответственно. Видно, что искать по одному пункту не всегда практично.
Посмотрим с помощью командной строки, сколько мы найдём белков, оканчивающихся на -ase:
zcat UP000001889.swiss.gz | grep '^DE' | grep 'RecName' | grep 'ase'| wc -l
Как результат 1399 белков. Этот вариант поиска не такой надёжный. Оканчиваться на -ase могут и белки без ферментативной активности.
Чем обусловлена вирулентность Citrobacter rodentium?
Citrobacter rodentium является патогеном для мышей, вызывает колит и трансмиссивную гиперплазию толстой кишки. Для проникновения в клетку бактерия использует систему секреции 3 типа:
zcat UP000001889.swiss.gz | grep '^DE' | grep 'T3SS'| wc -l
Нашли 51 белок из этой системы. Но только ли они участвуют в процессе заражения? В ключевых словах встречается "Virulence". Оно, конечно, не является гарантом, что мы найдём все задействованные белки, но попробуем поискать:
zcat UP000001889.swiss.gz | grep '^KW' | grep 'Virulence' | wc -l
Получим 17 вариантов белков, причем только 3 из них относятся к секреторной системе 3 типа. Остальные в большинстве своём относятся к белкам-транспортёрам или сборщикам, т.е. играют побочную роль в самом заражении, но так же важны для успешного проникновения в клетки хозяина. Т.е. если думать, на каком этапе можно предотвратить заражение, можно рассматривать ещё и блокировку этих транспортёров, например.