Из базы данных Pfam было выбрано семейство доменов с AC PF00998. Его характеристики представлены в таблице ниже:
Среди всех таксонов домен представлен только у вирусов. Причем большинство записей с данным доменом относятся к группе Orthornavirae. Фермент РНК-зависимая РНК-полимераза, для которой характерен данный тип доменов, катализирует синтез цепи РНК по матрице РНК. Для катализа РНК-зависимой РНК-полимеразе необходим ион магния, что видно по названию и описанию некоторых 3D-структур со страницы Pfam.
Для выбранного домена было скачано выравнивание seed из Pfam. При рассморении этого выравнивания в JalView были определены параметры, представленные в таблице ниже:
Результаты выравнивания в JalView представлены по ссылке. По результатам выравнивания было обнаружено несколько гомологичных участков для всех последовательностей, поэтому можно утверждать, что исследуемые белки гомологичны друг другу на этих участках. Максимальный блок выравнивания для всех последовательностей имел длину 21 аминокислота (координаты - в таблице). Для 2 последовательностей был найден максимальный блок выравнивания протяженностью 63 аминокислоты, координаты его в исходном выравнивании - в таблице, а в проекте JalView отдельным окном приведено выравнивание этих 2 последовательностей на данном участке. Все участки гомологии определялись с порогом identity 70%, а абсолютно консервативные колонки - с порогом identity 100%.
Были выбраны 2 последовательности с одним исследуемым ранее доменом, но с разной доменной архитектурой:
С помощью алгорится blastp была построена карта локального сходства (dotplot), которую можно просмотреть по ссылке
По карте локального сходства видны 4 участка гомологии в исследуемых белках: участок 2625-2672 последовательности белка Q03463 гомологичен участку 452-502 последовательности белка P22956, участок 2674-2695 гомологичен участку 503-526 соответственно, участок 2696-2727 - участку 528-559, а участок 2728-2751 - участку 560-579 соответственно.