Практикум 3: работа со структурой белка
Структура в целом
Объектом моего изучения в данном практикуме стала структура из банка PDB белка триптофанил-тРНК-синтетаза, выделенный из бактерии Geobacillus stearothermophilus. Структуру данного белка вы можете видеть на рисунке справа:
В структуре данного белка можно выделить одну полипептидную цепь (А-цепь). В биологическую единицу входят две таких А-цепи - белок работает в виде гомодимера.
Отдельные цепи
< class = "txt">По данным базы Uniprot, единственная полипептидная A-цепь этого белка (uniprot_id: P00953) относится к организму Geobacillus stearothermophilus, имеет название Tryptophan--tRNA ligase (триптофан-тРНК лигаза) и функцию катализа присоединения аминокислоты триптофана к одной из транспортных РНК с соответствующим антикодоном. Мутации относительно референской последовательности из Uniprot в структуре отсутствуют.
В структуре цепи имеется модифицированный аминокислотный остаток - селенометионин, таких модифицированных остатков в одной А-цепи девять.
На рисунке справа Вы можете видеть данный белок, покрашенный по типу вторичной структуры: альфа-спирали выделены красным цветом, бета-листы - жёлтым, участки, соединяющие элементы вторичной структуры - зелёным.
Малые молекулы
В структуре белка присутствуют следующие типы малых молекул: ATP (ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, АТФ), 5BX ((5S)-5-[(1R)-1-(1H-indol-3-yl)ethyl]-2-(methylamino)- 1,3-oxazol-4(5H)-one, индолмицин), GOL (GLYCEROL, глицерин), MG (MAGNESIUM ION, магний). Соответствующие строки из pdb-файла приведены в Гугл-документе. Белковое окружение одного из лигандов, глицерина, показано на рисунке ниже:
Использованные ресурсы:
Страница данного белка в Protein Data Bank