Практикум 3: A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Сравнительный анализ трёх форм ДНК
С помощью пакета 3DNA были построены модели А-, B- и Z-формы ДНК
В качестве азотистого основания мне был задан гуанин. Я решила выбрать B-форму ДНК, так как она наиболее распространена.
Ниже вы можете видеть увеличенный фрагмент выделенного гуанина. В малую бороздку смотрят атомы N2, N3, N9, C2, C4, а в большую бороздку - O6, C8, C6, C5, N1, N7
На рисунке ниже красным цветом выделены атомы гуанина, смотрящие в большую бороздку, синим цветом - в малую бороздку.
Далее для полученных с помощью 3DNA А-, B-, Z-форм были получены данные о характеристиках форм, представленные в таблице ниже:
Определение характеристик заданной структуры тРНК
Заданной мне структурой стала 1n77. Согласно информации на портале PDB, это кристаллическая структура глутамил-тРНК-синтетазы Thermus thermophilus в комплексе с глутамил-тРНК и АТФ. Скачанный файл со структурой вначале был переведен в старый формат:
remediator --old ''1N77b.pdb'' > ''1N77_old.pdb
Затем с помощью программы find_pair был проведен анализ структуры:
find_pair -t 1N77_old.pdb stdout | analyze
Обнаружено, что стебли образованы следующими парами нуклеотидов: 501-507 и 566-572, 549-553 и 561-565, 538-544 и 526-532, 510-513 и 522-525.
Найдено 9 неканонических пар: 502G-571U, 555U-518G, 538A-532C, 544A-526G, 513U-522G, 502G-571U, 544A-526G, 513U-522G, 514A-521A
Дополнительные водородные связи в тРНК между следующими парами нуклеотидов: U508-A546, A514-A521, G515-C548, G519-C556, C554-A558, U555-G518.