Практикум 4: Комплексы ДНК-белок
Анализ стеблей в тРНК с помощью программы einverted и алгоритма Зукера
Я работала со структурой 1N77b.pdb из прошлого практикума. С помощью программы einverted производился поиск инвертированных повторов. Программа запускалась с параметрами -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3. Также была предсказана вторичная структура по алгоритму Зукера. Результаты приведены в таблице ниже:
| Участок структуры | Позиции в структуре find_pair | Результаты einverted | Алгоритм Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 501-507 : 566-572 | Предсказано 5 пар из 7 | Все 7 пар, как у find pair |
| D-стебель | 510-513 : 522-525 | - | те же 4 пары + 509:526 |
| T-стебель | 549-553 : 561-565 | - | те же 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 538-544 : 526-532 | - | предсказано 5 пар из 7 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 10 | 22 |
С помощью RNAfold была предсказана вторичная структура моей РНК, приведенная на изображении ниже:
Исследование комплекса ДНК-белок
Заданной мне структурой стала 1a02. Согласно информации на портале PDB, это структура ДНК-связывающих доменов белков NFAT, FOS и JUN, связанных с ДНК.
Скрипт для определения множеств атомов
Скрипт для последовательного изображения всей структуры ДНК
2. Поиск ДНК-белковых контактов
С помощью скрипта обнаружено следующее число контактов:
| Контакты атомов белка с... | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 10 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 13 | 6 | 19 |
| остатками АО большой бороздки | 5 | 12 | 17 |
| остатками АО малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Работа с программой nucplot
Ниже приведены схемы ДНК-белковых контактов, полученные с помощью программы nucplot:
Из схемы видно, что наибольшее число контактов с ДНК образует остаток аспарагин-147. На изображении ниже показано взаимодействие данного остатка (покрашен малиновым) с остатками тимина (его атомы подписаны DT), аденина (подписан DA) и цитозина (подписан DC).
